Veuillez choisir le dossier dans lequel vous souhaitez ajouter ce contenu :
Communication
Membre a labase
Richard Giroux : Université Laval
Dans le cadre d’un programme de recherche visant à développer des outils facilitant la découverte de nouveaux antibiotiques, nous avons comparé la PCR et le séquençage à haut débit (SHD) pour leur capacité à détecter des gènes de résistance aux antibiotiques dans le microbiote intestinal. Les acides nucléiques totaux de 21 échantillons fécaux ont été purifiés et analysés par PCR et SHD pour la présence des gènes de résistance erm(B), mecA, vanA et vanB. Par PCR, erm(B) a été détecté dans tous les échantillons, mecA dans 4 échantillons et vanB dans 3 échantillons. Le SHD n’a pas permis de détecter mecA mais il a détecté erm(B) et vanB dans tous les échantillons révélés positif par PCR. La détection de vanB et erm(B) par les deux méthodes pourrait s’expliquer par leur forte abondance dans les échantillons alors que mecA apparaît beaucoup moins abondant puisqu’il n’a été détecté que par la PCR et jamais dans tous les réplicats faits à partir d’un même échantillon. Le SHD ne permet d’analyser qu’une infime fraction d’un échantillon de selle, mais il procure énormément d’information y compris sur des gènes de résistance divergents des gènes connus. Cependant, la majorité de cette information est centrée sur les espèces les plus abondantes dans la microflore. Par ailleurs, la PCR permet d’analyser 1000 fois plus de matériel à partir d’un échantillon mais se limite aux gènes pratiquement identiques à ceux déjà connus et ne procure pas d’information sur le contexte de ces gènes.
Thème du congrès 2013 (81e édition) :
Domaine de la communication :
Date :
6 mai 2013
Thème du communication :
Domaine de la communication :
