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Colloque
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Jeremy Schofield : University of Toronto
Un modèle simple de protéine immergée dans un solvant implicite est analysé. Dans le modèle, les monomères interagissent par des potentiels discontinus dont la forme simple permet l'identification de la structure. Il est supposé que les interactions rapides de monomère-solvant fournissent un frottement suffisant pour que le mouvement des monomères obéisse à l'équation de Smoluchowski. Il est démontré par simulation que la vitesse des transitions entre les configurations de la chaîne est bien décrite par la solution de temps moyen de premier passage. En intégrant les vitesses de transition entre les configurations dans un modèle de Markov de la relaxation de la chaîne, le processus d'équilibrage d'un ensemble de configurations dépliées à un ensemble de configuration repliées est étudié en fonction de la température pour différentes longueurs de chaîne.
Ce colloque est centré sur le développement de méthodes théoriques et numériques ainsi que leur application à la résolution de problèmes complexes en chimie et en biochimie.
Les approches impliquées dans ces efforts de modélisation sont basées sur la compréhension détaillée des interactions moléculaires. Diverses méthodes sont mises en œuvre selon l’échelle spatiale des interactions considérées. Cette échelle varie selon les domaines d’application. Alors que des méthodes de mécanique et de dynamique quantique sont utilisées pour étudier les propriétés de petites molécules et leur réactivité, des approximations classiques sont nécessaires pour l’étude atomistique de systèmes macromoléculaires ou d’assemblages moléculaires tels que les protéines, micelles, membranes biologiques et matériaux divers. Il est à noter que le prix Nobel de chimie 2013 a récompensé le développement de méthodes dites « à échelle multiple » permettant de combiner différents degrés de résolution pour résoudre des problèmes complexes.
Grâce à l’essor des capacités de calcul, ces diverses approches théoriques et leur implémentation numérique sont devenues des outils de choix pour élucider un nombre croissant de problèmes divers allant des matériaux de pointe au développement de médicaments pour les maladies infectieuses et neurodégénératives, en passant par les réactions chimiques, en chimie organique par exemple, et la catalyse enzymatique ou chimique.
Le but de ce colloque s’inscrit résolument dans la logique multidisciplinaire de la modélisation (bio)moléculaire et vise à mettre en présence étudiants et chercheurs issus de disciplines combinant sciences informatiques, mathématiques, physique, chimie, biochimie et biologie, qui utilisent des supercalculateurs et des modèles issus de la physique moléculaire pour l’étude des problèmes les plus variés. Les intervenants invités sont à la pointe du développement de nouvelles méthodes de simulation et des efforts pour élargir leur domaine d'application.
Thème du congrès 2014 (82e édition) :
Thème du colloque :
Date :
14 mai 2014
Titre du colloque :
Thème du colloque :
