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Colloque
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Jérôme Lamontagne-Proulx : Université Laval
L'automatisation de l'analyse morphométrique de tissus biologiques permet une analyse quantitative à grande vitesse dans des coupes de tissus entiers afin de mesurer des marqueurs physiopathologiques. Récemment, nous avons développé une nouvelle méthode automatisée pour l’identification d’alvéoles pulmonaires et de septa chez la souris. Ce logiciel a été initialement développé sur un poste de travail haut de gamme, qui n'était cependant pas assez puissant pour des analyses à grande échelle. Afin d'accélérer l'analyse des tissus, les données provenant de la numérisation de coupes entières à partir de la préparation histologique de poumons de souris ont été transférées sur la grappe de serveurs Colosse (Calcul Québec). Notre algorithme développé initialement dans l’environnement Matlab a été par la suite déployé sur Linux. La segmentation de l'image entière, la détection d'objet, la quantification et la représentation visuelle ont été réalisées en utilisant 6 nœuds sur Colosse, chacun équipé de 8 cœurs et 24 Go de RAM. Nous avons obtenu une accélération de 6x à 70x selon la taille du lot d'image à traiter. Une fonction d'indication du niveau d'achèvement du travail a été implémentée pour monitorer l'avancement des travaux. Notre flux de travail a été validé avec succès sur des échantillons de poumon. Pour nos prochains projets de recherche, nous prévoyons modifier notre algorithme pour effectuer des analyses à haut débit de préparations histologiques de cerveau et d'intestin.
Ce colloque porte sur l’importance du calcul informatique de pointe (CIP) pour le Québec. Dans des domaines comme la dynamique des fluides, la physique ou la chimie numérique, le CIP joue un rôle prépondérant depuis plusieurs décennies et permet par exemple de concevoir des avions plus silencieux et économes. L’utilisation du CIP s’est cependant fortement diversifiée dans les dernières années. On l’utilise pour assurer l’efficacité énergétique de nos entreprises ou encore pour mieux comprendre la diversité des interactions entre les espèces et leurs relations complexes avec l’environnement. En santé, le développement de médicaments s’est grandement accéléré grâce à la modélisation et à la simulation de la dynamique des interactions moléculaires alors que le décodage du génome ouvre la porte à une future médecine personnalisée. En sciences humaines et sociales, on l’utilise pour comprendre les mécanismes de la perception de l’environnement acoustique, pour préparer des archives et des bibliothèques musicales ou pour procéder à l’analyse de textes à grande échelle. Finalement, un autre secteur où le CIP joue un rôle grandissant est l’exploration et l’exploitation de vastes banques de données numériques, que ce soit pour l’étude des médias sociaux ou pour la prise de décision en temps réel. Plusieurs des thèmes mentionnés ci-dessus feront l’objet de présentations lors de notre colloque.
Nous aurons également deux tables rondes qui permettront de discuter du rôle du CIP en dehors des sphères universitaires. Les thèmes abordés sont : les ressources de calcul informatique de pointe et la formation : un enjeu pour le Québec et l’entrepreneuriat de demain : l’innovation et le numérique. Ces tables rondes seront suivies par une session d’affiches où les étudiants faisant appel aux ressources de Calcul Québec présenteront leurs travaux.
Thème du congrès 2017 (85e édition) :
Thème du colloque :
Date :
8 mai 2017
Responsables :
