Veuillez choisir le dossier dans lequel vous souhaitez ajouter ce contenu :
Colloque
Membre a labase
Nicolas Berthet : Institut Pasteur
Introduction : La variole du singe est une zoonose causée par le virus du monkeypox (MPXV). La plupart des cas humains d’infection à MPXV recensés sont survenus en Afrique centrale, principalement République démocratique du Congo (RDC). Cependant des cas ont également été signalés en Afrique de l'Ouest et aux États-Unis pour la première fois en 2003. Ici nous avons séquencé et caractérisé sept souches différentes de MPXV provenant de cas individuels et de petits foyers épidémiques en République Centrafricaine (RCA).
Méthodes : Des banques d'ADN ont été préparées à partir d’échantillons biologiques puis enrichies en séquences MPXV par capture. Ces dernières ont été séquencées à l’aide de la plateforme Illumina (MiSeq) du CIRMF – GABON. Les lectures pairées obtenues ont été nettoyées et filtrées selon la qualité et la taille. Les génomes entiers MPXV ont été obtenus après mapping sur le génome de référence de RDC. Les prédictions de protéines ont été faites par FraGeneScan et leur identification a été confirmée par BLASTX. Un alignement multiple des polymorphismes ou Indels identifiés pour chaque souche a aussi été fait.
Conclusions: Nos analyses indiquent que les 7 génomes séquencés sont distincts. Cela suggère qu’entre 2001 et 2015, différentes souches issues de divers réservoirs animaux ont circulé en RCA. Des analyses plus approfondies pourraient permettre l’identification de potentiels motifs propres au réservoir animal, encore méconnu, dont les MPXV proviennent.
Le séquençage à haut débit (SHD) regroupe des technologies dont les applications de plus en plus diversifiées répondent à de nombreuses problématiques en recherche comme en clinique avec l’avènement des thérapies personnalisées. Ces technologies connaissent encore aujourd’hui des progrès fulgurants afin de les rendre plus accessibles en matière de coût et de manipulation. Elles impliquent cependant un besoin strict en ressources humaines d’expertise adéquate pour produire et traiter les données de SHD. Quoique désormais moins dispendieux qu’à ses débuts, le SHD entraîne tout de même des coûts et requiert des conditions de travail aux standards élevés difficiles à atteindre dans des régions en voie de développement comme en Afrique.
Les maladies infectieuses en zone tropicale posent souvent le problème de délai de réponse en santé publique. Cela dépend en partie de la capacité à identifier les pathogènes responsables lorsque ceux-ci ont émergé ou d’en anticiper l’émergence en amont afin de gérer au mieux les cas qui se présentent. Les émergences virales de ces dernières années en Afrique telles qu’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014 ou encore lZika en Afrique du Sud en 2016 en sont des exemples. Le domaine de la découverte de pathogènes se présente aujourd’hui comme une priorité de recherche pour lequel le SHD constitue un outil précieux. Nombre de pays en voie de développement, où les standards minimum requis font encore défaut, sont concernés.
Ce colloque offrira une série de communications abordant différents aspects des problématiques de santé et de recherche en Afrique auxquels le SHD peut contribuer à répondre. Nous visons ici une réflexion sur les enjeux du SHD, les défis qu’ils imposent et l’intérêt d’investir pour de telles technologies dans des régions où les ressources sont encore limitées.
Thème du congrès 2018 (86e édition) :
Thème du colloque :
Date :
7 mai 2018
Titre du colloque :
Thème du colloque :
Responsables :
