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Colloque
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Ingrid Labouba : Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF)
Introduction: L'émergence de virus pathogènes en Afrique ces dernières années place la découverte de pathogènes comme un domaine prioritaire pour l’ensemble du continent. Aujourd’hui le diagnostic moléculaire inclut la détection du virus de même que son identification et sa caractérisation. Lors d’épidémies, l’efficacité de réponse dépend de la rapidité d’identification du pathogène en cause. Avoir in situ de toute la logistique requise pour le traitement d’échantillons constitue un atout majeur.
Contexte: Les méthodes usuelles de diagnostic moléculaire limitent le champ d’investigation à des cibles connues qui rend le diagnostic de cas négatifs fastidieux. Le séquençage à haut débit (SHD) offre les outils nécessaires à une caractérisation plus complète des pathogènes détectés et une exploration moléculaire approfondie, sans à priori, des cas d’étiologie inconnue. En Afrique, l’accès au SHD est rendu possible par l’export d’acides nucléiques à des fins d'analyses en externe. Outre le risque biologique et la perte de temps associés, il en résulte la fuite de biomatériel exploitable qui amoindrit les possibilités de recherches locales.
Objectifs: Pour mieux répondre aux besoins en santé et en recherche au Gabon, le CIRMF s’est muni d’une plateforme SHD qui offre une autonomie précieuse pour le diagnostic et la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses. Nous présenterons ce plateau technique et des exemples pratiques de son utilisation en diagnostic et en recherche.
Le séquençage à haut débit (SHD) regroupe des technologies dont les applications de plus en plus diversifiées répondent à de nombreuses problématiques en recherche comme en clinique avec l’avènement des thérapies personnalisées. Ces technologies connaissent encore aujourd’hui des progrès fulgurants afin de les rendre plus accessibles en matière de coût et de manipulation. Elles impliquent cependant un besoin strict en ressources humaines d’expertise adéquate pour produire et traiter les données de SHD. Quoique désormais moins dispendieux qu’à ses débuts, le SHD entraîne tout de même des coûts et requiert des conditions de travail aux standards élevés difficiles à atteindre dans des régions en voie de développement comme en Afrique.
Les maladies infectieuses en zone tropicale posent souvent le problème de délai de réponse en santé publique. Cela dépend en partie de la capacité à identifier les pathogènes responsables lorsque ceux-ci ont émergé ou d’en anticiper l’émergence en amont afin de gérer au mieux les cas qui se présentent. Les émergences virales de ces dernières années en Afrique telles qu’Ebola en Afrique de l’Ouest en 2014 ou encore lZika en Afrique du Sud en 2016 en sont des exemples. Le domaine de la découverte de pathogènes se présente aujourd’hui comme une priorité de recherche pour lequel le SHD constitue un outil précieux. Nombre de pays en voie de développement, où les standards minimum requis font encore défaut, sont concernés.
Ce colloque offrira une série de communications abordant différents aspects des problématiques de santé et de recherche en Afrique auxquels le SHD peut contribuer à répondre. Nous visons ici une réflexion sur les enjeux du SHD, les défis qu’ils imposent et l’intérêt d’investir pour de telles technologies dans des régions où les ressources sont encore limitées.
Thème du congrès 2018 (86e édition) :
Thème du colloque :
Date :
7 mai 2018
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Responsables :
