Colloque

Caractérisation des éléments 5’-UTR dans la régulation de la traduction chez les vertébrés

Jean-Denis Beaudoin

Membre a labase

Jean-Denis Beaudoin : UCONN Health

Résumé de la communication

La séquence et structure de l’ARN jouent un rôle primordial dans le contrôle de la traduction. L’initiation de la traduction est sensible aux caractéristiques du 5’-UTR des ARNm dont leur longueur et la formation de structures d’ARN stables. Alors que ces caractéristiques sont connues pour affecter la traduction individuellement, une étude en profondeur de leurs activités reste manquante. Ici, nous avons mesuré le pouvoir régulateur de la traduction pour des milliers de régions 5’-UTR chez un vertébré, l’embryon du poisson zèbre. Nous avons développé une nouvelle technique, NaP-TRAP-seq, pour mesurer la traduction en cours d’une librairie composée de plus de 10 000 ARNm rapporteurs, où chacun encode la même protéine taguée, mais où chacun contient une séquence 5’-UTR différente. En parallèle, nous avons cartographié la structure d’ARN de notre librairie en utilisant la technique SHAPE-MaP pour évaluer le rôle des structures d’ARN dans la régulation de la traduction. L’analyse de nos résultats avec l’aide de l’apprentissage automatique nous a permis d’identifier des séquences et des structures d’ARN inhibitrices et activatrices. L’incorporation de nos résultats dans un modèle de forêts d’arbres décisionnels permet d’atteindre un coefficient de corrélation de Pearson de 0.63 entre le niveau de traduction prédit et celui mesuré par NaP-TRAP-seq après une validation croisée. Nous étudions présentement l’activité de ces éléments régulateurs nouveaux dans les cellules humaines.

Résumé du colloque

Le colloque proposé s’intéresse à de nombreuses questions liées à la biologie des ARN, notamment la transcription, l’épissage, la maturation et la dégradation des ARN. La fonction de plusieurs types d’ARN non codants tels que les micro-ARN ou les petits ARN nucléolaires (snoARN) sera aussi abordée. En plus d’aborder des questions fondamentales, le colloque abordera le rôle des ARN et des protéines liant les ARN dans certaines maladies humaines grâce à des projets de recherche sur la biologie des tumeurs et des maladies infectieuses.