Colloque

Une cartographie de la cellule en protéomique de proximité

Anne-Claude Gingras

Membre a labase

Anne-Claude Gingras : Mount Sinai Hospital

Résumé de la communication

Comprendre l'organisation sous-cellulaire dynamique dans les cellules vivantes est essentiel pour comprendre les mécanismes de signalisation intracellulaire qui sont dérégulés dans plusieurs maladies. À l'aide de la biotinylation dépendante de la proximité (BioID), nous avons d'abord établi une carte de référence pour la cellule humaine à l'état d'équilibre en combinant près de 200 expériences indépendantes (Go et al.; humancellmap.org). En employant des principes de culpabilité par association et de profiles de corrélation entre les cibles détectées, nous avons pu établir de façon précise la localisation cellulaire de près de 40% des protéines exprimées dans la cellule HEK293. Cette carte nous a de plus permis d’identifier des protéines qui sont à l’interface des membranes externes de la mitochondrie et du réticulum endoplasmique. La carte établie nous permet maintenant de mieux sélectionner des appâts protéiques qui peuvent rendre compte du recrutement de protéines à certaines organelles ou structures subcellulaires. Ces «capteurs» BioID peuvent ensuite être appliqués pour observer les changements dynamiques dans la signalisation. Par exemple, en exploitant les capteurs BioID endosomes / lysosomes tardifs, nous avons récemment révélé de nouvelles subtilités dans la régulation des voies de détection des acides aminés (Hesketh et al., Science, 2020). De même, nous avons utilisé la référence humancellmap pour sélectionner des appâts hôtes qui permettent de profiler la localisation spécifique des protéines virales isolées (covid19interactome.org), ou suite à une infection. Cette présentation revisitera les principes clés de la cartographie dynamique des organelles dans les cellules vivantes et l'utilisation de la détection des coïncidences pour les interactomes proximaux dynamiques.

Résumé du colloque

Les récentes percées technologiques rendent maintenant possible la génération d’importantes quantités de données dans le domaine de la santé, incluant les données génomiques, métabolomiques et protéomiques. Le développement de nouvelles méthodes et approches innovantes dans l’analyse est indispensable. De fabuleuses possibilités de recherche sont ainsi à notre portée, ce qui permet d’atteindre l’aspect personnalisé de la médecine de précision. Cette situation amène toutefois son lot de défis quant à la quantité, la sécurité et l’accessibilité de ces données. Ce colloque permettra de présenter l’état de l’art en recherche sur ces différents aspects.