Colloque

L'imputation des génotypes permet la découverte des variations rares associées aux maladies

Sarah Gagliano Taliun

Membre a labase

Sarah Gagliano Taliun : Université de Montréal

Résumé de la communication

Les variants génétiques de perte de fonction (variants LoF), tels que ceux qui introduisent un codon d'arrêt prématuré ou qui décalent le patron de lecture des codons, éliminent ou diminuent considérablement l'action des protéines. Pour analyser les variants LoF associés aux traits complexes, nous avons imputé les génotypes des participants de la cohorte UK Biobank en utilisant les séquences d’ADN complètes de plus de 97 000 individus du projet multiethnique TOPMed. Cette imputation nous a permis d'augmenter la quantité de variations caractérisées d’environ 30 millions à plus de 300 millions. La plupart (94%) des variants imputés sont rares (fréquence allélique alternative <0,5%), dont 0,03% (50 000) sont des variants LoF. Après avoir fait l’imputation, nous avons effectué des tests d’association pour chaque variant et des tests d’association de burden pour plus de 1 400 traits dans la UK Biobank. Nous avons identifié des variations LoF rares qui sont associées aux traits, comme par exemple, une mutation décalante dans CHEK2 et une variation de non-sens dans PALB2 associées au cancer du sein. Bien que l’impact de ces variations soit établi, c'est la première fois qu’elles sont caractérisées dans une population adulte qui ne présente pas de problèmes de santé majeurs. Nous démontrons que l’imputation des génotypes avec une grande référence de séquençage, nous permet de trouver des associations entre des traits et des variations possiblement pathogènes dans de grandes cohortes.

Résumé du colloque

Les récentes percées technologiques rendent maintenant possible la génération d’importantes quantités de données dans le domaine de la santé, incluant les données génomiques, métabolomiques et protéomiques. Le développement de nouvelles méthodes et approches innovantes dans l’analyse est indispensable. De fabuleuses possibilités de recherche sont ainsi à notre portée, ce qui permet d’atteindre l’aspect personnalisé de la médecine de précision. Cette situation amène toutefois son lot de défis quant à la quantité, la sécurité et l’accessibilité de ces données. Ce colloque permettra de présenter l’état de l’art en recherche sur ces différents aspects.