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Colloque
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Michael Shamash : Université McGill
L’énumération de bactériophages par plages de lyse est une étape critique dans divers protocoles. Aujourd’hui, la référence pour obtenir ces abondances est un comptage manuel, ce qui est long, sujet à des erreurs humaines, et limité à des boîtes de Petri avec un nombre de plages de lyse comptables.
Nous présentons OnePetri, une application pour téléphone intelligent open-source utilisant une collection de modèles d’apprentissage automatique (« machine learning ») entraînés pour l’énumération rapide de plages de lyse de bactériophages sur des boîtes de Petri. Nos modèles d’apprentissage automatique ont été formés avec des photos d’expériences de plages de lyse menées par des étudiants dans le programme de découverte de bactériophages SEA-PHAGES, du Howard Hughes Medical Institute. Un total de 137 et 4 875 objects de reference ont été utilisé pour la formation des modèles de détection des boîtes de Petri et plages de lyse, respectivement, tous les deux ayant avec une haute précision et rappel.
Comparé au protocole de référence (comptage manuel), OnePetri est ~30x plus rapide. Comparé à d’autres outils analytiques similaires, OnePetri avait un taux d’erreur relatif (~13%) inférieur que l’outil « Plaque Size Tool » (PST; ~86%) et « CFU.AI » (~19%), tout en ayant également réduit considérablement les temps de détection comparé à PST (~2x plus rapide).
Il est maintenant reconnu que les bactériophages (ou phages) sont les entités biologiques les plus abondantes de la planète. Ce sont des virus qui infectent et détruisent spécifiquement des bactéries. On les retrouve aux mêmes endroits que les bactéries et ils jouent un rôle prépondérant dans le maintien de l’équilibre des écosystèmes. En fait, les phages sont d’excellents modèles viraux applicables à une panoplie de domaines. Les bactériophages peuvent être à la fois nos amis et nos ennemis. Amis puisqu’ils suppriment des populations bactériennes aux propriétés nocives, y compris des bactéries pathogènes. Des phages peuvent aussi avoir des applications industrielles et médicales comme agents de biocontrôle. Ennemis puisqu’ils détruisent des bactéries qui jouent un rôle important dans les fermentations, particulièrement dans l’industrie agroalimentaire. Ce colloque présentera des travaux récents sur les diverses applications des phages en santé, agriculture et environnement ainsi que sur la caractérisation de ces virus à l’aide de nouveaux outils de recherche.
Thème du congrès 2022 (89e édition) :
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Date :
11 mai 2022
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