Colloque

umIT : une librairie open-source pour la gestion et analyse de données d’imagerie mésoscopique

Bruno Oliveira Ferreira De Souza

Membre a labase

Bruno Oliveira Ferreira De Souza : Labeo Technologies

Résumé de la communication

Les expériences en imagerie à l’échelle mésoscopique sont devenues de plus en plus complexes. Cela peut générer grandes quantités de données qui doivent être stockées et analysées en temps opportun. Cela peut être un facteur limitant à mesure que les expériences deviennent plus grandes et plus complexes. Afin de résoudre ce problème, nous avons construit une librairie d’analyse nommée umIT (universal mesoscale Imaging Toolbox) qui fournit un ensemble d'outils pour gérer et automatiser les étapes critiques du traitement de données d'imagerie à grande échelle.

La librairie a été créée dans MATLAB. Elle est composée de quatre modules principaux qui gèrent les métadonnées de l'expérience (c.-à-d. des informations sur les sujets expérimentaux et les enregistrements), créent des pipelines pour importer et prétraiter les données, fournissent des outils de visualisation et de comparaisons de groupes.

Bien qu'à ce jour, la boîte à outils couvre la plupart des besoins d'une expérience d'imagerie typique, elle a été conçue pour être adaptable et extensible avec la possibilité pour l'utilisateur de créer des fonctions personnalisées qui peuvent être entièrement intégrées dans le pipeline de traitement.

Résumé du colloque

L’étude de la relation débit sanguin-métabolisme dans le système nerveux central est au centre de grands enjeux :

de la médecine, puisque nombre de troubles moteurs ou cognitifs résultent d’une dysfonction vasculaire;
de la santé de la vision, puisque nombre de déficits visuels sont consécutifs à une altération vasculaire de la rétine ou du cerveau;
de l’apprentissage, puisqu’une bonne santé circulatoire facilite l’apprentissage;
des biotechnologies, puisque les techniques d’imagerie cérébrale et rétinienne découlent de ces relations.

Ce colloque vise à regrouper des spécialistes de ces différentes disciplines, à permettre le réseautage entre conférencier·ère·s et étudiant·e·s, et à créer un atelier dynamique pour faciliter l’étude de la triade neurovasculaire. Les conférencier·ère·s rassemblent des chercheur·se·s de différents niveaux de carrière. Les étudiant·e·s et postdocs sont conviés à participer. Un encart de vulgarisation scientifique des recherches présentées sera publié, si possible.