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Colloque
Membre a labase
Marc Baaden : Centre national de la recherche scientifique
Démocratiser les simulations et analyses moléculaires interactives grâce
à une plateforme portable clé en main
Les outils informatiques permettant de visualiser et manipuler des
structures moléculaires en temps réel représentent un potentiel
considérable pour accélérer la recherche et améliorer l'enseignement,
mais restent encore sous-exploités. Notre équipe a développé MolPlay,
une plateforme qui démocratise l'accès aux simulations et analyses
moléculaires interactives.
Je présenterai les tâches courantes de modélisation interactive -
assemblage, déformation, échantillonnage d'événements rares - et leurs
applications, notamment pour l'étude des membranes et protéines
membranaires. MolPlay fournit un environnement logiciel prêt à l'emploi
avec une collection d'exemples pratiques soigneusement sélectionnés.
La nature portable et autonome de MolPlay permet des déploiements
variés, de la vulgarisation à l'enseignement, en laboratoire de
recherche, et comme outil abordable de distribution de logiciels
scientifiques. Plusieurs tests ont démontré que MolPlay abaisse les
barrières d'accès aux approches interactives.
En consolidant plus d'une décennie d'expertise dans une plateforme
accessible, MolPlay représente une avancée significative vers une
adoption plus large de ces techniques computationnelles puissantes mais
sous-utilisées, tant dans l'éducation que dans la recherche.
Ce colloque est centré sur le développement de méthodes théoriques et numériques et leur application à la résolution de problèmes chimiques complexes. Les approches impliquées dans ces efforts de modélisation sont généralement basées sur la compréhension détaillée des interactions moléculaires, et diverses méthodes sont mises en œuvre selon l’échelle spatiale des interactions considérées. Cette échelle varie selon les domaines d’application : alors que des méthodes de mécanique et de dynamique quantique sont utilisées pour étudier les propriétés de petites molécules, des approximations classiques sont nécessaires pour l’étude atomistique de systèmes macromoléculaires ou assemblages moléculaires tels que les protéines, micelles, vésicules, membranes biologiques et matériaux divers, sans compter sur l’apport récent de l’apprentissage automatique et de l’intelligence artificielle, qui est en train de rapidement accroître leur champ d’application. Grâce à l’essor des capacités de calcul, ces diverses approches théoriques et leur implémentation numérique sont devenues des outils de choix pour élucider un nombre croissant de problèmes divers allant des matériaux de pointe au développement de médicaments pour les maladies infectieuses, en passant par la chimie de l’atmosphère et la catalyse enzymatique. Le but de ce colloque s’inscrit résolument dans la logique multidisciplinaire de la modélisation multi-échelles, et vise à mettre en présence étudiants et chercheurs issus de disciplines combinant sciences informatiques, mathématiques, physique, chimie, biochimie et biologie qui utilisent des supercalculateurs et des modèles issus de la physicochimie moléculaire pour l’étude des problèmes les plus variés. Les intervenants invités sont à la pointe du développement de nouvelles méthodes de simulation et des efforts pour élargir leur domaine d’application.
Thème du colloque :
Date :
7 mai 2025
Titre du colloque :
Responsables :
