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Colloque
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Nicolas Moitessier : Université McGill
Les méthodes d’amarrage (docking) ont joué un rôle important dans la découverte de nouveaux médicaments. Au cours des 20 dernières années, nous avons développé un tel logiciel qui a été modifié pour répondre à des besoins spécifiques en chimie médicinale. Initialement, nos applications de programmes d'amarrage aux antagonistes d'intégrines, aux inhibiteurs de BACE-1 et aux aminosides se liant à l'ARN bactérien ont révélé les limites des logiciels disponibles. Pour répondre à ce défi, nous avons développé Fitted, mettant en œuvre des algorithmes pour la flexibilité des protéines, les molécules d'eau déplaçables et l'amarrage orienté par pharmacophore. D'autres projets de chimie médicinale ont, par la suite motivé la plupart des concepts et de la mise en œuvre au sein de notre programme en constante évolution. Nous présenterons des exemples de mises en œuvre basées sur la chimie médicinale, telles que des méthodes prenant en compte la coordination médicament-zinc pour la conception d'inhibiteurs d'HDAC, des routines pour identifier des groupes réactifs et former des liaisons covalentes avec la protéine cible pour permettre le développement d'inhibiteurs covalents de la prolyl oligopeptidase (POP), des méthodes pour calculer les états de transition lors de l'amarrage pour étudier le métabolisme des inhibiteurs de POP par les enzymes du cytochrome P450 (CYP) et l’inclusion de méthode d’apprentissage automatisées afin de raffiner les prédictions.
Ce colloque est centré sur le développement de méthodes théoriques et numériques et leur application à la résolution de problèmes chimiques complexes. Les approches impliquées dans ces efforts de modélisation sont généralement basées sur la compréhension détaillée des interactions moléculaires, et diverses méthodes sont mises en œuvre selon l’échelle spatiale des interactions considérées. Cette échelle varie selon les domaines d’application : alors que des méthodes de mécanique et de dynamique quantique sont utilisées pour étudier les propriétés de petites molécules, des approximations classiques sont nécessaires pour l’étude atomistique de systèmes macromoléculaires ou assemblages moléculaires tels que les protéines, micelles, vésicules, membranes biologiques et matériaux divers, sans compter sur l’apport récent de l’apprentissage automatique et de l’intelligence artificielle, qui est en train de rapidement accroître leur champ d’application. Grâce à l’essor des capacités de calcul, ces diverses approches théoriques et leur implémentation numérique sont devenues des outils de choix pour élucider un nombre croissant de problèmes divers allant des matériaux de pointe au développement de médicaments pour les maladies infectieuses, en passant par la chimie de l’atmosphère et la catalyse enzymatique. Le but de ce colloque s’inscrit résolument dans la logique multidisciplinaire de la modélisation multi-échelles, et vise à mettre en présence étudiants et chercheurs issus de disciplines combinant sciences informatiques, mathématiques, physique, chimie, biochimie et biologie qui utilisent des supercalculateurs et des modèles issus de la physicochimie moléculaire pour l’étude des problèmes les plus variés. Les intervenants invités sont à la pointe du développement de nouvelles méthodes de simulation et des efforts pour élargir leur domaine d’application.
Thème du colloque :
Date :
9 mai 2025
Titre du colloque :
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Responsables :
