Colloque

Approches algorithmiques pour l'inférence d'histoires de duplication en tandem avec inversions et déletions pour des familles multigéniques

Mathieu Lajoie

Membre a labase

Mathieu Lajoie

Résumé du colloque

Les familles de gènes répétés en tandem (GRT) représentent une fraction importante de la plupart des génomes. Elles participent à différents processus biologiques, comme la reconnaissance et la transduction de signaux (récepteurs olfactifs), la régulation de l'expression génique (ZNF, HOX) et le transport moléculaire (globines). Un mécanisme fondamental dans l'évolution de ces familles est la recombinaison inégale durant la méiose, qui peut entrainer la duplication (ou la délétion) simultanée d'un ou plusieurs gènes adjacents. De telles duplications sont dites « en tandem ». Différents algorithmes ont été proposés pour inférer l'histoire évolutive des familles de GRT. Leur usage est cependant limité en pratique, car ceux-ci ne tiennent pas compte d'autres événements évolutifs fréquents, comme les inversions et les duplications inversées, dont l'existence est illustrée par la présence de gènes dans les deux orientations transcriptionnelles chez plusieurs familles de GRT. Au cours de cet exposé, je présenterai des algorithmes que nous avons développés pour inférer l'histoire évolutive des familles de GRT en présence de ces évènements, dont une heuristique qui tient compte à la fois des duplications en tandem, des duplications inversées, des inversions et des délétions.