Colloque

Arbres phylogéniques minimals

David Sankoff

Membre a labase

David Sankoff

Résumé du colloque

Étant donné O, un ensemble de séquences finies, un arbre phylogénique minimal est un arbre dont l'ensemble des sommets s'identifie à O ∪ H où H est un ensemble (possiblement vide) de séquences et tel que la somme des longueurs des branches est minimale. La longueur de la branche a est le nombre minimal de mutations nécessaires pour transformer les séquences a et b d'une manière qui les rend identiques. Une mutation peut être ou (1) un changement (remplacement) de la valeur d'un terme dans l'une des séquences afin de la rendre égale à la valeur d'un terme dans l'autre séquence, ou (2) l'enlèvement complet d'un terme dans l'une ou l'autre des séquences. L'ensemble H est l'ensemble des séquences "hypothétiques". Nous développons une méthode de programmation dynamique pour la construction des arbres phylogéniques minimales, et en particulier les séquences hypothétiques. Cette méthode se base sur des théorèmes qui établissent une relation directe entre les ensembles de positions correspondantes dans les séquences différentes et une solution à un problème qui concerne la coloration des graphes. La méthode s'applique directement au problème, en génétique moléculaire, de déterminer l'arbre phylogénique de plusieurs espèces, étant donné seulement une séquence de certaines macromolécules dont la fonction est la même dans les différentes espèces.

Contexte

Section :

Mathématiques

Thème du colloque :

Mathématiques

Hôte : Université d’Ottawa

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