Colloque

Comparaison de génomes sous forme de contig

Adriana Muñoz

Membre a labase

Adriana Muñoz

Résumé du colloque

Le nombre de génomes séquencés augmente rapidement, mais la tendance actuelle est vers les assemblages moins complets. Donc les génomes sont disponibles sous formes de contig plutôt que des chromosomes entiers. Or, les méthodes phylogénétiques basées sur les réarrangements génomiques requièrent des données sous forme de chromosomes entiers. Nous suggérons une solution à cette incompatibilité entre méthode et données, qui consiste à traiter les contigs comme chromosomes, en appliquant une correction pour l'excès des réarrangements de types fusion et fission qui en résulte. Nous nous servons de simulations pour estimer les paramètres de cette correction et nous appliquons notre méthode pour reconstruire une phylogénie assez vraisemblable de 10 génomes du genus Drosophila et 4 génomes d'autres insectes.