Colloque

Compléter les gènes manquants des échafaudages à l'aide de l'évidence comparative

David Sankoff

Chunfang Zheng

Membre a labase

David Sankoff

Résumé du colloque

L'étendue phylogénétique du séquençage de génomes est de plus en plus importante. Cependant, celà ne s'accompagne pas nécessairement de l'amélioration de la qualité des séquences pour l'ensemble des génomes. En effet, une proportion croissante des génomes sont publiés sous forme d'"échafaudage", ou "squelette de contigs". Un grand nombre de gènes sont absents de l'échafaudage, même si leur présence dans le génome est établie dans les ensembles d'EST. Nous proposons une méthode qui consiste à remplir de façon optimale les échafauds par les gènes manquants, tout en intégrant ces échafauds ainsi augmentés directement dans les algorithmes de réarrangement génomiques comme s'ils étaient des chromosomes. L'idée est de localiser les gènes manquants de façon à minimiser la distance génomique. L'algorithme est suffisamment efficace pour résoudre un problème de comparaison des génomes de "Ricinus communis" et de "Vitis vinifera", de plus de 18.000 gènes, dont 5000 sont absents de l'échafaud de Ricinus, et ceci en moins d'une minute de temps de calcul. Et donc, pratiquement tous les génomes sont à la portée de cette nouvelle méthodologie.

Contexte

Section :

Génomique évolutive

Thème du colloque :

Génomique évolutive

Hôte : Université de Montréal

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