Colloque

Détermination de structures secondaires conservées dans les ARN : Application à l'étude des transcrits du gène c-myr des mammifères

Marcel Turcotte

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Marcel Turcotte

Résumé du colloque

Les étapes de transcription et traduction des gènes sont deux points de contrôle importants de l'expression des gènes. Alors qu'il existe plusieurs approches informatiques afin d'assister la découverte de signaux modulant la transcription des gènes, il existe peu d'approches pour faciliter la détermination de motifs participants au contrôle de l'expression à l'étape de la traduction. Ces signaux semblent complexes, les structures secondaires et tertiaires y jouant probablement un rôle important. Nous proposons une nouvelle approche informatique permettant l'inférence de motifs de structures secondaires conservées pour un ensemble de séquences (typiquement des transcrits de gènes) dont on soupçonne l'existence d'un mécanisme de régulation commun; des séquences homologues d'un même gène, par exemple. Cette approche repose sur un engin efficace, à base de tableaux de suffixes, pour l'énumération de palindromes biologiques conservés et un algorithme combinatoire permettant la composition de motifs. Nous présenterons des résultats préliminaires où nous avons appliqué cette technique sur des transcrits du gène c-myc de mammifères pour lesquels il y a de bonnes indications qu'un motif IRES (Internal Ribosome Entry Site) soit présent et dont un modèle a été proposé.