Colloque

Développement d'un modèle de traitement des feuillets bêta dans une perspective de prédiction de structures protéiques

Pierre-Jean L'heureux

John R. Gunn

Membre a labase

Pierre-Jean L'heureux

Résumé du colloque

La prédiction du repliement des protéines est un des grands défis de la science moderne. À la frontière entre plusieurs disciplines, elle pousse à l'utilisation de techniques provenant de différents domaines, ainsi que l'invention de techniques nouvelles. Notre modèle de prédiction tri-dimensionnelle incorpore des modèles physiques à des notions empiriques et statistiques. En plus des problèmes fondamentaux concernant les modèles énergétiques et combinatoires dans la recherche d'une conformation protéique native, de multiples problèmes plus petits handicapent le développement de modèle plus performant. Entre autres, la gestion des feuillets bêta est un domaine où peu d'équipes ont offert de solutions informatiques convaincantes. La difficulté provient du caractère non-local d'un feuillet, c'est-à-dire qu'il est constitué de parties provenant de plusieurs portions non-contigües dans la séquence de la protéine. Notre modèle hiérarchique de prédiction s'appuie sur une recherche des boucles dans l'espace dièdre, mais son approche locale, sans pont hydrogène explicite, rend difficile la transformation coopérative de plusieurs portions de la protéine. Grâce à une expertise des angles dièdres developpée dans notre groupe, une façon élégante de gérer les feuillets bêta a été développée. Nous parlerons de reconnaissance de patrons, de biaisage de construction, et de mobilité des feuillets bêta durant une recherche Monte Carlo.

Contexte

Section :

Biophysique

Thème du colloque :

Biophysique

Responsables :

André Longtin

Hôte : Université d’Ottawa

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