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Étude théorique du transport des ions dans le canal de la gramicidine A: Simulations de dynamique moléculaire

B. Roux
M. Karplus
BR

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B. Roux

Résumé du colloque

Un modèle du canal de la gramicidine A a été construit en utilisant les résultats de la RMN à deux-dimensions obtenus par Arseneiw dans des micelles de SDS. Dans ce modèle, le canal est un dimère en hélice droite beta, où les extrémités N-terminal des monomères sont reliées par 6 ponts hydrogènes. Les coordonnées du canal ont été optimisées par minimisation de l'énergie potentielle. Un système représentant le canal dans une membrane simplifiée a été construit avec 188 molécules d'eau et 85 sphères hydrophobes pour représenter les chaînes de carbones des lipides. Le système complet comprend 967 particules. En utilisant des simulations de dynamiques moléculaires, le profil d'énergie libre d'un ion sodium le long de l'axe du canal a été calculé. La position des sites de liaison de l'ion sodium trouvée par ce calcul est en accord avec la position déterminée par des mesures de diffraction des rayons X. Le processus de déshydratation à l'entrée du canal est analysé.

Contexte

Section :
Biophysique
news icon Thème du colloque :
Biophysique
host icon Hôte : Université de Montréal

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Titre du colloque :

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