Colloque

Extraction de patrons structuraux liés à la fonction des ARN

François Major

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François Major

Résumé du colloque

Limiter la prédiction de structures à celle d'énergie minimum constitue une simplification irréaliste. En compilant une signature d'un certain nombre des meilleures solutions pour une séquence donnée permet de capturer les isomères topologiques de l'espace des structures accessibles à cette séquence. Nous appelons cette signature l'espace-topo de la séquence d'ARN. Nous avons développé une métrique permettant de comparer des espaces-topo et de regrouper des séquences qui se replient et qui fonctionnent de manière similaire. Une application de la métrique est de prédire l'impact de mutations sur la structure et fonction d'un ARN. Par exemple, l'effet de simples points de mutations peuvent avoir très peu d'impact sur la structure la plus stable mais peuvent avoir des conséquences importantes sur les effets biologiques. C'est ce que nous avons observé pour des précurseurs de micro ARN. En particulier, il y a deux allèles de miR-125a qui ne diffèrent que par un seul nucléotide (SNP) et qui ne change pas leur structure commune d'énergie minimum. Pourtant l'allèle majeur (type sauvage) et l'allèle mineur ont des efficacités de maturation très différentes qui affectent grandement leurs niveaux d'expression. Par mutagénèse dirigée, nous avons généré et cloné les 16 variants de miR-125a en changeant la paire de base touchée par le SNP, puis mesuré leurs niveaux d'expression par qPCR. À l'aide de notre métrique, nous avons aussi calculé les distances entre les espaces-topo des variants