Colloque

Génomes ancestraux de levures

Cedric Chauve

A. Ouangraoua

H. Gavranovic

E. Tannier

Membre a labase

Cedric Chauve

Résumé du colloque

La reconstruction de génomes ancestraux a fait des progrès importants au cours des dernières années, à la fois du point de vue de la méthodologie, de la capacité à traiter de gros jeux de données, et de la convergence avec les méthodes expérimentales. Nous nous intéressons ici à un autre aspect, à savoir la fiabilité des résultats de telles méthodes, en comparant les résultats de méthodes basées sur une parcimonie globale en termes de réarrangements de génomes et de méthodes baséee sur un principe de parcimonie locale. Nous menons notre étude en analysant deux ancêtres de levures à partir de sept génomes séquencés et assemblés. Nous montrons que pour l'ancêtre pre-duplication de S. cerevisiae et C. glabrata (reconstruit manuellement par Gordon et al. (Plos Genetics 2009)), les deux approches convergent de manière fiable, alors que pour l'ancêtre commun de S. kluyveri, K. thermotolerans, K. lactis et A. gossypii, reconstruit par Jean et al. (Journal of Computational Biology 2009), l'approche globale ne produit pas de résultat fiable, en partie du fait de la résolution des données choisies, mais aussi de le méthode employée. Dans ce dernier cas, nous montrons que l'utilisation de données plus fines permet d'augmenter la fiabilité, sans atteindre toutefois le même niveau que pour l'ancêtre pre-duplication.

Contexte

Section :

Génomique évolutive

Thème du colloque :

Génomique évolutive

Hôte : Université de Montréal

Découvrez d'autres communications scientifiques

Dans le même colloque
Du même congressiste

Titre du colloque :

Génomique évolutive

Évolution de l'organisation exon-intron chez les eucaryotes

Miklos Csürös

Génomes ancestraux de levures

Cedric Chauve

Le rôle de la régulation "longue-distance" dans la préservation de la synténie

Mathieu Blanchette

Voir tous les contenus de ce colloque

Autres communications du même congressiste :

Thème du colloque :

Génomique évolutive

Un système réseau de neurones/HMM pour la prédiction de protéines à ancre GPI

Cedric Chauve

Un système réseau de neurones/HMM pour la prédiction de protéines à ancre GPI

Cedric Chauve

Génomes ancestraux de levures

Cedric Chauve