Colloque

Impact de la structure des protéines sur l'évolution des séquences : relations avec l'expression génique

Claudia L. Kleinman

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Claudia L. Kleinman

Résumé du colloque

L'influence de la structure tridimensionnelle des protéines sur l'évolution des séquences n'a pas encore été extensivement caractérisée. Ont été récemment développés des modèles évolutifs contraints sur la structure, considérant explicitement le positionnement spatial des résidus, ainsi que les outils statistiques pour évaluer objectivement leur performance. Dû à leur nouveauté et au coût élevé des calculs , ces méthodes n'ont été utilisées que sur un petit nombre de protéines. Afin d’étudier la variabilité de l'influence de la structure sur l'évolution des séquences, dans le travail présenté ici, nous appliquons ce cadre à un ensemble plus grand de protéines. En particulier, nous examinons comment cette influence est modulée par le niveau d'expression des gènes bactériens, en contrastant les patrons d’ajustement des modèles structurels obtenus avec les gènes les plus fortement exprimés et ceux de plus faible expression. Les contraintes sélectives liées aux facteurs structuraux et celles associées aux propriétés transcriptionnelles sont discutées.