Colloque

Inférer des modèles dynamiques de réseaux génétiques de données spatio-temporelles d'expression des gènes

Ted Perkins

Membre a labase

Ted Perkins

Résumé du colloque

On va décrire une stratégie générale pour inférer des modèles dynamiques de réseaux génétiques basée sur des données d'expression de gènes. Le but principal de la méthode est de modéliser les motifs spatio-temporels complexes qui se présentent au moment du développement embryonnaire. Premièrement, les données d'expressions sont expliquées en inférant les taux de production, de déterioration et de diffusion comme une fonction du temps et de l'espace. Ensuite, les taux de production inférés sont expliqués comme une fonction des données d'expression observées. On va décrire une application de cette approche, soit la modélisation du réseau « gap-gene » dans la « Drosophila Melanogaster ». On va montrer que l'approche est: (1) efficace, (2) capture bien la dynamique du réseau, et (3) produit des règles logiques, facilement compréhensibles, pour la régulation de la transcription des « gap genes » qui est consistante avec les croyances biologiques courantes.