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La modélisation tridimensionnelle des structures de RNA par une approche symbolique et numérique

R. Cedergren
D. Gauthret
G. Laplante
M. Turcotte
F. Major
RC

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R. Cedergren

Résumé du colloque

La prédiction d'une structure de RNA est définie comme le problème de trouver les voies de repliement des atomes satisfaisant des contraintes topologiques. Nous avons développé un système, MC-SYM (Molecular Conformation by SYMbolic generation), qui réduit énormément le volume de calcul requis par cette définition. MC-SYM est basé sur un algorithme de satisfaction de contraintes avec "backtracking". Le système permet l'incorporation d'informations expérimentales et théoriques sur la structure de RNA étudié. Les solutions peuvent être utilisées comme des structures de départ pour les routines de minimisation d'énergie. Pour tester la fiabilité de MC-SYM, nous avons généré des structures de boucles du RNA et d'un pseudonœud de RNA à partir d'informations connues avant leur détermination par cristallographie aux rayons X et R.N.M. Ces structures ont été ensuite comparées aux structures de contrôle et leur déviation r.m.s. a été déterminée après superposition spatiale. Les déviations r.m.s. entre les structures prédites et connues se situent entre 1.5 et 3.5 . MC-SYM nous a permis de tester certaines hypothèses sur le repliement des pseudonœuds et de formuler des règles structurales. Nous prévoyons que MC-SYM sera un outil important dans la modélisation du RNA et la compréhension de ses fonctions cellulaires.

Contexte

Section :
Structure tridimensionnelle, une approche moléculaire moderne
news icon Thème du colloque :
Structure tridimensionnelle, une approche moléculaire moderne
host icon Hôte : Université de Sherbrooke

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Titre du colloque :

Structure tridimensionnelle, une approche moléculaire moderne
La modélisation tridimensionnelle des structures de RNA par une approche symbolique et numérique
R. Cedergren
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Thème du colloque :

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