Colloque

L'analyse protéomique intégrée de la différenciation cellulaire

Alexei Pshezhetsky

Daniel Sinnett

Damian Labuda

Emile Levy

Membre a labase

Alexei Pshezhetsky

Résumé du colloque

Afin d'identifier les gènes impliqués dans les maladies inflammatoires de l'intestin, nous avons utilisé la génomique fonctionnelle et la protéomique pour la sélection de gènes candidats qui seront par la suite examinés par génotypage. Dans une première phase de l'étude, nous avons caractérisé les protéines exprimées dans les membranes apicales de cellules intestinales humaines provenant d'adénocarcinomes colorectaux (Caco-2) lors de prolifération et différentiation. Cette dernière est caractérisée par la polarisation des cellules, accompagnée par la formation de dômes et la présence de la bordure en brosse de la membrane apicale qui contient des hydrolases et des transporteurs membranaires. Les protéomes de microvillosités isolées ont été quantifiés et comparés à l'aide d'une nouvelle technologie basée sur la modification covalente des peptides avec des réactifs contenant des isotopes légers et lourds. Les protéines ont été identifiées par spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) et leur abondance relative dans les différents échantillons a été mesurée en comparant l'intensité du signal des peptides marqués avec les réactifs légers et lourds. Parmi la centaine de protéines identifiées par cette approche, 30 % ont été retrouvées exclusivement dans les cellules différenciées, 20 % uniquement dans les cellules non différenciées et 50 % dans les deux types cellulaires. Dans le but de sélectionner certains gènes (pour des analyses génomiques, des études métaboliques et de signalisation cellulaire, l'examen simultané des données protéomiques, des profils d'expression d'ARN et des prédictions par la bioinformatique de la fonction des gènes), leur localisation et leur expression ont été réalisées à l'aide du serveur SQL de Microsoft (Relational database management system). Sur la base des premiers résultats, nous pouvons conclure que notre approche peut être utilisée avec succès lors d'analyses protéomiques des fonctions cellulaires, nous prévoyons que cette approche peut représenter une nouvelle avenue pour étudier la pathogenèse des maladies inflammatoires de l'intestin et d'établir des tests prédictifs de la susceptibilité et des stratégies thérapeutiques.