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Résumé du colloque
La translocation des protons à travers les membranes biologiques est un aspect fondamental des processus bioénergétiques. La médiation du transport des protons par les protéines s'opère par un mécanisme dit "de Grotthuss" mettant en jeu l'échange chimique de noyaux d'hydrogène le long de ponts hydrogènes organisés en réseaux étendus. Dans les protéines membranaires, ces "fils à protons" comprennent à la fois des canaux hydratés et des chaînes d'acides aminés. L'étude des propriétés structurales, dynamiques et thermodynamiques de fils à protons dans des canaux hydratés, ainsi que dans des pompes à protons, a fait l'objet de simulations de dynamique moléculaire classiques et quantiques. Nous présenterons les résultats d'études détaillées du mécanisme moléculaire régissant la conduction des protons par des chaînes de molécules d'eau dans des modèles de pores trans-membranaires et dans un canal ionique, la gramicidine. L'étude thermodynamique du relais des protons par un acide glutamique dans l'oxydase du cytochrome c sera également présentée.
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