Colloque

Phylogenomics

Yaoquing Shen

Membre a labase

Yaoquing Shen

Résumé du colloque

Les enzymes de la déshydrogénase des acyl-CoA constituent une vaste famille de protéines, importante au plan biologique, et participant au catabolisme des acides gras et des amino acides. Un total de 13 sous familles sont présentement reconnues, dont 11 affichent une spécificité distincte de substrat quant aux substrats des acyl-CoA de structure et de longueur différentes. Les gènes de la déshydrogénase des acyl-CoA ont été détectés dans les trois domaines de la vie mais, dans certains cas, les sous familles n’ont pas été attribuées, et aucune étude exhaustive n’a été menée sur la distribution des taxons et l’évolution des sous-familles individuelles. Nous faisons ici rapport sur l’analyse de la famille de la déshydrogénase des acyl-CoA, à partir des génomes de 250 espèces, au moyen de la recherche de la similarité de séquence et de l’identification d’orthologie reposant sur la phylogénèse. L’établissement du profil taxonomique des sous familles de la déshydrogénase des acyl-CoA révèle une distribution vaste et variable de l’ensemble des procaryotes et des eucaryotes. Quant aux espèces pour lesquelles des données expérimentales sont disponibles, il y a une bonne concordance entre l’ensemble des sous familles de la déshydrogénase des acyl-CoA et la source de carbone nécessaire qui a été observée. Par conséquent, la présence de sous familles de la déshydrogénase des acyl-CoA fournit une fenêtre sur la biologie d’un organisme uniquement en fonction de la séquence génomique, lorsque les besoins nutritionnels et les données enzymatiques ne sont pas disponibles. Nous avons également tenté de retracer l’évolution de la famille de la déshydrogénase des acyl-CoA, ce qui s’est avérée irréalisable compte tenu des données disponibles. Cependant, l’analyse phylogénétique, combinée à la distribution taxonomique, indiquent des événements multiples et indépendants de transfert horizontal, de duplication, de perte et de nouvelle acquisition récente des gènes de la déshydrogénase des acyl-CoA. Nos résultats suggèrent que les gènes de la déshydrogénase des acyl-CoA sont une ancienne famille dont les stratégies évolutives irrégulières ont généré une myriade d’enzymes pour l’exploitation d’une vaste gamme d’acides gras et d’amino-acides comme source de carbone.