Colloque

Phylogénomique et datation de la diversification des Eucaryotes

Hervé Philippe

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Hervé Philippe

Résumé du colloque

La phylogénomique, c’est-à-dire l’utilisation des données génomiques afin de reconstruire l’histoire de la vie sur Terre, est un domaine en pleine expansion. La principale raison est que l’utilisation d’un grand nombre de gènes apporte plus de signal phylogénétique. La phylogénie des Animaux illustrera que la résolution est effectivement améliorée, mais aussi qu’il existe des pièges. En effet, les erreurs systématiques deviennent plus apparentes avec beaucoup de données et la qualité du modèle d’évolution devient primordiale. Nous étudierons ensuite un aspect moins étudié de l’utilisation des données génomiques, celui de la datation moléculaire. Un alignement de 22082 positions pour 342 espèces d’Eucaryotes a été construit et analysé. Il apparaît que le nombre de positions n’est pas un facteur limitant, les mêmes résultats étant obtenus avec seulement la moitié des positions. Par contre, les dates inférées sont relativement sensibles à l’échantillonnage taxonomique, aux calibrations paléontologiques retenues et à la méthode de datation. Malgré ces incertitudes, notre étude suggère fortement que les Eucaryotes se sont diversifiés récemment (moins d’un milliard d’années) et que les animaux se sont diversifiés peu après (~740 millions d’années), soit bien avant l’explosion cambrienne. En conclusion, les données génomiques sont particulièrement utiles pour améliorer la résolution des phylogénies, et non la précision des datations moléculaires.

Contexte

Section :

Bioinformatique, génomique, épigénétique

Thème du colloque :

Bioinformatique, génomique, épigénétique

Responsables :

Marcel Turcotte David Sankoff

Hôte : Université d’Ottawa

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