Colloque

Recherche approchée de structures secondaires de l'ARN

Jean-Eudes Duchesne

Membre a labase

Jean-Eudes Duchesne

Résumé du colloque

Les méthodes classiques de recherche/alignement (Blast, Smith-Waterman) sont inefficaces pour la recherche de molécules fonctionnelles d'ARN. Ceci est dû au fait que ces méthodes sont basées sur la similarité entre les résidus à des positions données plutôt que la similarité de leurs structures. Comme l'ARN se replie sur lui même en formant des ponts hydrogènes entre nucléotides complémentaires, il est intéressant de considérer que l'élément conservé entre des molécules semblables est la paire formée plutôt que les nucléotides constituant la paire. Plusieurs approches ont été développées pour solutionner ce problème, mais possèdent toutes des failles non négligeables. Le but de ce travail est de créer un algorithme rapide, capable de gérer plusieurs types d'erreurs et possédant un grand pouvoir d'expression pour être capable de représenter le plus fidèlement les molécules biologiques d'ARN.