Colloque

Réconstruction ancestrale de caractères numériques

Miklos Csürös

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Miklos Csürös

Résumé du colloque

Il existe beaucoup d'aspects de l'évolution génomique qui peuvent être capturer le mieux par des quantités numériques. Les exemples incluent la taille du génome et des chromosomes, la densité d'introns, ou bien les profiles phylétiques (nombre de gènes paralogues dans une famille à travers des organismes différents). Je parlerai de méthodes computationnelles pour l'analyse de telles quantités numériques. La présentation adresse l'inférence d'états ancestraux, et celle de tendances générales. En particulier, je discuterai de méthodes de parcimonie et de vraisemblance appliquées à des études évolutives de répertoires de gènes. La reconstruction de l'évolution de familles de gènes chez les Archaea montre la réduction persistante du répertoire, interrompue occasionnellement par des épisodes de gain en masse. L'exemple montre l'influence formative de perte dans l'histoire de génomes contemporains. Références [1] M Csuros, I Miklos. "A probabilistic model for gene content evolution with duplication, loss, and horizontal transfer." Proc. RECOMB, Springer LNCS 3909:206-220, 2006. [2] M Csuros. "Ancestral reconstruction by asymmetric Wagner parsimony over continuous characters and squared parsimony over distributions." Proc RDCOMB CG, Springer LNCS 5267:72-86, 2008. [3] M Csuros, I Miklos "Streamlining and large ancestral genomes in Archaea inferred with a phylogenetic birth-and-death model." Molecular Biology and Evolution 26:208

Contexte

Section :

Modélisation en évolution moléculaire

Thème du colloque :

Modélisation en évolution moléculaire

Responsables :

Hervé Philippe

Hôte : Université de Montréal

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