Communication

Reconstruction d'arbres à partir de matrices de distances incomplètes : comparaison de deux méthodes

Claudine Levasseur

François-Joseph Lapointe

Pierre-Alexandre Landry

Membre a labase

Claudine Levasseur

Résumé de la communication

En biologie expérimentale, il n'est pas rare d'obtenir des matrices de distances incomplètes. L'utilisation de telles matrices pose problème pour l'ajustement d'arbres phylogénétiques étant donné que les méthodes classiques nécessitent des matrices complètes. Récemment, deux méthodes ont été proposées indépendamment afin de contourner cette limitation. La première se base sur la reconstruction d'arbres à partir de la méthode des triangles alors que la seconde procède par optimisation en minimisant la somme des carrés des écarts. À l'aide de simulations, nous avons comparé ces méthodes dans le cadre particulier de reconstruction d'arbres phylogénétiques. À partir de trois types de matrices complètes (distances brutes, additives et ultramétriques), nous avons généré des matrices incomplètes (comportant de 10 % à 60 % de valeurs manquantes). Ensuite, nous avons évalué la performance de ces deux méthodes en comparant les arbres obtenus à ceux établis à partir des matrices originales. Nos résultats démontrent que la méthode d'optimisation donne de meilleurs résultats pour estimer les distances manquantes alors que la méthode des triangles s'avère supérieure pour retrouver la bonne topologie d'arbre. Ultimement, nous proposons d'utiliser ces deux méthodes conjointement afin d'augmenter le taux de succès global des reconstructions d'arbre à partir de matrices de distances incomplètes.

Contexte

Section :

Mathématiques et statistiques

Domaine de la communication :

Mathématiques et statistiques

Hôte : Université de Montréal

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