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Simulation de dynamique moléculaire d'une protéine membranaire : la mélittine dans une bicouche lipidique (DMPC)

Simon Berneche
Benoît Roux
SB

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Simon Berneche

Résumé du colloque

La compréhension de différents phénomènes biologiques observés à la surface des cellules passe par l'étude des interactions lipides-protéines responsables de l'ancrage et de la stabilisation des protéines membranaires. Des méthodes expérimentales (RMN, rayon-X,...) ont permis de déterminer la structure tri-dimensionnelle de certaines protéines membranaires. Ces méthodes donnent toutefois peu d'informations sur l'association protéine-membrane. Par une approche théorique faisant appel aux techniques de simulations par dynamique moléculaire, il est possible de caractériser cette association au niveau atomique. Une méthode de construction d'un système explicite composé d'une protéine et d'une bicouche phospholipidique (DMPC) solvatée a été développée et appliquée à l'étude de la mélittine, modèle d'une hélice-a amphiphile. Une trajectoire de dynamique moléculaire d'une durée de 600 psec a été générée et analysée afin de caractériser les interactions entre la protéine et les lipides, ainsi que les propriétés structurales et dynamiques. L'ancrage de la mélittine à l'interface H2O-DMPC a été caractérisé par l'analyse de ses interactions avec le solvant et les têtes polaires des phospholipides. Des calculs de paramètres d'ordre RMN à l'état solide ont permis d'obtenir des informations sur la conformation de la protéine et des lipides perturbés par la présence de la mélittine.

Contexte

Section :
Biophysique
news icon Thème du colloque :
Biophysique
host icon Hôte : Université de Trois-Rivières

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Titre du colloque :

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