pen icon Colloque
quote

Simulation de dynamique moléculaire d'une protéine membranaire : la mélittine dans une bicouche lipidique (DMPC)

Simon Berneche
Benoît Roux
SB

Membre a labase

Simon Berneche

Résumé du colloque

La compréhension de différents phénomènes biologiques observés à la surface des cellules passe par l'étude des interactions lipides-protéines responsables de l'ancrage et de la stabilisation des protéines membranaires. Par une approche théorique faisant appel aux techniques de simulations par dynamique moléculaire, il est possible de caractériser ces interactions au niveau atomique. Une méthode de construction d'un système explicite composé d'une protéine et d'une bicouche phospholipidique (DMPC) solvatée a été développée et appliquée à l'étude de la mélittine, modèle d'une hélice-a amphiphile et connue pour son activité lytique. Une trajectoire de dynamique moléculaire d'une durée de 1000 psec a été générée et analysée afin de caractériser l’association mélittine-membrane. L'ancrage de la mélittine à l'interface H2O-DMPC a été caractérisé par l'analyse de ses interactions avec le solvant et les têtes polaires des phospholipides. Des calculs de paramètres d'ordre RMN à l'état solide ont permis d'obtenir des informations sur la conformation de la protéine et des lipides perturbés par la présence de la mélittine. Les effets de l’état protoné de la mélitine ont aussi été étudiés. Le résidu N-terminal a été protoné à partir de la 600 ième psec de la trajectoire de dynamique moléculaire, ce qui a mené à une importante pénétration d’eau dans la membrane. Ces observations ont fourni des indications sur l’interaction de la mélittine avec des membranes phospholipidiques et sur le mécanisme par lequel elle provoque leur lyse.

Contexte

Section :
Structure et fonctions des membranes biologiques : de la physique à la biologie
news icon Thème du colloque :
Structure et fonctions des membranes biologiques : de la physique à la biologie
host icon Hôte : Université Laval

Découvrez d'autres communications scientifiques

news icon

Titre du colloque :

Structure et fonctions des membranes biologiques : de la physique à la biologie
Étude de l'interaction entre des agents antinéoplasiques, les chloroéthylurées, et des bicouches li…
Audrey Saint-Laurent
Application de la RMN en solution et en phase solide à l'étude d'une protéine membranaire
Martine Monette
Simulation de dynamique moléculaire d'une protéine membranaire : la mélittine dans une bicouche lip…
Simon Berneche
Voir tous les contenus de ce colloque

Autres communications du même congressiste :

news icon

Thème du colloque :

Structure et fonctions des membranes biologiques : de la physique à la biologie
Simulation de dynamique moléculaire d'une protéine membranaire : la mélittine dans une bicouche lip…
Simon Berneche
Interactions ioniques dans les canaux potassiques : études théoriques
Benoît Roux
Théorie générale du traitement de l'énergie de solvatation dans des simulations de dynamique molécu…
Simon Berneche