Colloque

Structures de l'ATPase gastrique : une étude par spectroscopie infrarouge en réflexion totale atténuée

Erik Goormaghtigh

Membre a labase

Erik Goormaghtigh

Résumé du colloque

L'étude structurale des protéines membranaires reste très limitée suite aux difficultés rencontrées pour les cristalliser. La spectroscopie infra-rouge offre une alternative qui permet d'aborder l'étude de grosses protéines membranaires insérées dans une bicouche lipidique. L'ATPase gastrique est responsable de l'acidification de l'estomac. Les tubulovésicules des cellules pariétales dont la membrane contient plus de 85% d'ATPase gastrique sont isolées et étalées sur un élément de réflexion interne en germanium pour former un système de multicouches orientées. La région non membranaire extérieure à la vésicule peut être éliminée par digestion protéolytique. La région non membranaire intérieure à la vésicule est aussi éliminée après un choc osmotique qui ouvre la structure vésiculaire. Après purification des vésicules ainsi traitées, des multicouches orientées peuvent être formées comme pour les vésicules contenant l'ATPase intacte. L'analyse de la bande d'absorption amide I permet d'évaluer indépendamment la structure secondaire de la protéine entière et des segments protéiques insérés dans la bicouche lipidique. Le dichroïsme linéaire précise l'orientation des éléments de structure secondaire et les cinétiques d'échange hydrogène/deutérium sur le groupe amide nous renseigne sur l'accessibilité des segments membranaires au milieu aqueux. Alors que la présence d'une dizaine d'hélices a transmembranaires sont détectées dans la protéine entière et dans sa région membranaire isolée, l'analyse révèle aussi la présence de feuillets b associés à la membrane. L'incidence de ces éléments expérimentaux sur le modèle de l'ATPase sera discuté.