Colloque

Une approche statistique à l'identification de cibles cellulaires chez C. albicans

Sébastien Lemieux

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Sébastien Lemieux

Résumé du colloque

Le Fitness Test (FT) a été initialement développé chez la levure, S. cerevisiae, dans le but d'identifier les gènes conférant une hyper-sensibilité à certains traitements (Giaever 1999). L'expérience consiste à combiner dans une même culture une collection de mutants hétérozygotes pour un gène et de les soumettre à une dose sous-léthale d'un anti-fongique. Chaque souche étant marquée d'une courte séquence unique lors de sa construction (bar code), il est ensuite possible d'amplifier par PCR ces marqueurs et d'hybrider sur une micropuce d'ADN. Une collection de 2872 souches hétérozygotes a été mise au point chez Trilogy pour le pathogène Candida albicans (Roemer 2003) et permet de réaliser ce type d'expérience pour identifier la cible cellulaire de nouveaux anti-fongiques. L'analyse des résultats du FT n'est pas triviale puisqu'en plus des sources de variabilité habituelles rencontrées avec les micropuces d'ADN, l'utilisation d'une culture mixte ajoute un niveau de difficulté supplémentaire. Nous présenterons une approche dans laquelle une série d'expériences sont considérées comme un ensemble d'entraînement permettant de dériver, de manière non supervisée, un modèle statistique pour chacune des souches présentes dans la culture. Le type de modèle retenu est une mixture de composantes hétérogènes qui est optimisé par l'algorithme EM (Dempster 1977). Ces modèles sont ensuite utilisés pour prendre une décision quant à l'hyper-sensibilité de chacune des souches face à un nouveau traitement. Les résultats obtenus lors de l'analyse d'une série d'expériences de validation indiquent un haut niveau de sensibilité et de spécificité.