Colloque

Une méthode éclectique pour déterminer la structure secondaire des protéines

D. Sankoff

T. Nguyen Ba

R.J. Cedergreen

A. Matheson

Membre a labase

D. Sankoff

Résumé du colloque

Plusieurs méthodes existent pour déduire la structure secondaire d'une protéine à partir de la structure primaire - sa séquence d'acides aminés. Ces méthodes, toutes approximatives, produisent généralement des résultats qui sont sensiblement différents. Nous pouvons réconcilier ces résultats formellement sans perdre de l'information en utilisant une représentation par réseau dirigé. En comparant des réseaux ainsi obtenus de séquences d'acides aminés de protéines homologues chez différentes espèces, nous pouvons ensuite essayer d'extraire l'unique structure secondaire qu'elles ont en commun. Nous faisons ceci en nous servant d'un algorithme de programmation dynamique de Kruskal et Sankoff pour la comparaison de réseaux en l'appliquant aux séquences d'acides aminés de protéines ribosomiques homologues chez plusieurs espèces.

Contexte

Section :

Biochimie

Thème du colloque :

Biochimie

Hôte : Université du Québec à Trois-Rivières

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