Colloque

Une méthode efficace pour la détection des transferts horizontaux de gènes partiels

Alix Boc

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Alix Boc

Résumé du colloque

Contrairement au modèle du transfert complet où la solution (i.e., scénario de transferts) se présente comme une série de déplacements de sous-arbres de l’arbre d’espèces nécessaires pour retrouver la topologie de l’arbre de gène, le modèle de transfert partiel, supposant qu’une partie quelconque de gène peut aussi être transférée, transforme l’arbre d’espèces donné en un réseau phylogénétique. Dans un tel réseau, la distance entre deux espèces se calcule comme la somme des longueurs pondérées de chemins reliant ces espèces. Le nouvel algorithme de détection des transferts partiels que nous présenterons utilisera une fenêtre coulissante pour parcourir les séquences du gène étudié et effectuera la sélection des transferts les plus probables en fonction de leur score de bootstrap.