Colloque

Une méthode pour l'estimation de la conductivité des canaux ioniques en utilisant de l'information structurelle

Jeffrey Sutherland

Gustavo A. Arteca

Membre a labase

Jeffrey Sutherland

Résumé du colloque

Deux algorithmes ont été développés pour estimer la conductivité de canaux de transport d'ions, en utilisant seulement les coordonnées de noyaux atomiques disponibles dans les bases de données. Le premier algorithme calcule la trajectoire d'un objet-point qui traverse le canal ionique, celui-ci représenté avec des sphères dures. Le deuxième algorithme détermine l'aire de la section tranversale au canal, perpendiculaire à la trajectoire de passage. La méthode présentée améliore certaines limitations des modèles antérieurs puisqu'elle considère l'environnement tridimensionnel complet de la protéine qui forme le canal. Dans la communication présente, toutes les régions accessibles au solvant à l'intérieur du canal sont incluses pour le calcul de l'aire transversale. Finalement, un modèle ohmique est utilisé pour évaluer la conductivité de 11 transporteurs, y compris des structures déterminées expérimentalement ainsi que des structures modèles. Un bon accord avec les conductivités expérimentales a été obtenu pour les sept canaux (cholera-toxine, gramicidine A, phospholamban et quatre porines) qui ont des valeurs tabulées. Dans cette présentation, nous discuterons ces résultats et leur dépendance sur les paramètres du modèle.

Contexte

Section :

Science moléculaire computationnelle

Thème du colloque :

Science moléculaire computationnelle

Hôte : Université d’Ottawa

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Titre du colloque :

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