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Colloque
Les énergies relatives obtenues à partir de deux sites de protonation sur les résidues Asp25/Asp25' de la triade catalytique de la Pr/VIH-1 ont été calculées et analysées pour différents complexes VIH-1 protéase/inhibiteur. Nos résultats mettent en valeur l'importance des résidues Gly27/Gly27' pour la stabilisation de la charge négative située sur le résidue Asp25. Cette stabilisation est associée avec une réduction de la répulsion électrostatique entre les atomes d'oxygène des résidues Asp25/Asp25'. La comparaison de la structure de la souche sauvage avec celles provenant de différents complexes Pr/drogue montre que la Pr/VIH-1 a une flexibilité unique. Cette flexibilité permettrait à l'enzyme …
Colloque
L’équilibre conformationnel de la glycine présente depuis longtemps un défi à la chimie quantique, et en particulier à la théorie de la fonctionnelle de la densité (TFD). Même les fonctionnelles d’échange-corrélation (XC) les plus serrées ont rencontré des difficultés jusqu’à présent. Ici nous examinons la performance de deux nouveaux schèmes d’XC corrigés par le Laplacien: Blap1 et Plap1. Les résultats sont comparés avec ceux des schèmes corrigés par le gradient (GGA): Becke-Perdew (BP), Becke-Lee-Yang-Parr (BLYP); de la méthode hybride (B3LYP), des résultats post-Hartree-Fock, et avec les résultats expérimentaux disponibles. Un de ces conformères, qui a un lien hydrogène très fort, …
Colloque
L’équilibre conformationnel de la glycine présente depuis longtemps un défi à la chimie quantique, et en particulier à la théorie de la fonctionnelle de la densité (TFD). Même les fonctionnelles d’échange-corrélation (XC) les plus serrées ont rencontré des difficultés jusqu’à présent. Ici nous examinons la performance de deux nouveaux schèmes d’XC corrigés par le Laplacien: Blap1 et Plap1. Les résultats sont comparés avec ceux des schèmes corrigés par le gradient (GGA): Becke-Perdew (BP), Becke-Lee-Yang-Parr (BLYP); de la méthode hybride (B3LYP), des résultats post-Hartree-Fock, et avec les résultats expérimentaux disponibles. Un de ces conformères, qui a un lien hydrogène très fort, …
Colloque
Nous avons étudié l’adsorption du CO₂ sur la surface Pd(110) avec la méthode de la Combinaison Linéaire d’Orbitales de Type Gaussienne de la fonctionnelle de la densité. Des fonctionnelles locales et non-locales furent utilisées. Les électrons de cœur de l’atome de palladium étaient représentés par un potentiel modèle de cœur qui inclut les effets relativistiques. L’adsorption du CO₂ fut étudiée en fonction de la grosseur de l’agrégat Pd₄, allant de n=1 à n=4. Dans tous les cas, les systèmes Pd₄-CO₂ furent entièrement optimisés en permettant une relaxation électronique et structurale. Les fréquences et l’énergie de chimisorption du CO₂ furent estimées …
Colloque
Nous avons étudié l’adsorption du CO₂ sur la surface Pd(110) avec la méthode de la Combinaison Linéaire d’Orbitales de Type Gaussienne de la fonctionnelle de la densité. Des fonctionnelles locales et non-locales furent utilisées. Les électrons de cœur de l’atome de palladium étaient représentés par un potentiel modèle de cœur qui inclut les effets relativistiques. L’adsorption du CO₂ fut étudiée en fonction de la grosseur de l’agrégat Pd₄, allant de n=1 à n=4. Dans tous les cas, les systèmes Pd₄-CO₂ furent entièrement optimisés en permettant une relaxation électronique et structurale. Les fréquences et l’énergie de chimisorption du CO₂ furent estimées …
