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Colloque
Des simulations de dynamique moléculaire de la gramicidine A (GA) dans une bicouche de phospholipides DMPC sont décrites. Un modèle atomique détaillé est utilisé afin de représenter les interactions microscopiques. Les simulations sont faites dans le but d'explorer les propriétés de l'enchaînement GA:DMPC faisant l'objet de nombreux travaux de recherche dans les laboratoires de B. Cornell, T. Cross, et J. Davis par des méthodes de résonance magnétique nucléaire de l'état solide. Les déplacements chimiques, les écarts quadripolaires ainsi que les couplages dipolaires sont calculés à partir de la dynamique et comparés aux valeurs expérimentales. Le profil de densité moyen est …
Colloque
Un modèle du canal de la gramicidine A a été construit en utilisant les résultats de la RMN à deux-dimensions obtenus par Arseneiw dans des micelles de SDS. Dans ce modèle, le canal est un dimère en hélice droite beta, où les extrémités N-terminal des monomères sont reliées par 6 ponts hydrogènes. Les coordonnées du canal ont été optimisées par minimisation de l'énergie potentielle. Un système représentant le canal dans une membrane simplifiée a été construit avec 188 molécules d'eau et 85 sphères hydrophobes pour représenter les chaînes de carbones des lipides. Le système complet comprend 967 particules. En utilisant …
Colloque
Une trajectoire de dynamique moléculaire d'une durée de 800 ps de l'Amantadine dans le chloroforme est utilisée afin d'étudier l'influence des mouvements rapides, sur les taux de relaxation mesurés par des expériences NOESY et ROESY. Il est généralement observé que les fluctuations radiales et angulaires ont des effets opposés sur les relaxations 1H-1H. Ces fluctuations internes mènent à des déviations systématiques lorsque les taux de relaxation sont utilisés pour déterminer les conformations moléculaires à partir de contraintes géométriques. La possibilité de combiner NOESY et ROESY afin d'extraire de l'information sur les mouvements internes est discutée.
