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Communication
Dans le cadre d’un programme de recherche visant à développer des outils facilitant la découverte de nouveaux antibiotiques, nous avons comparé la PCR et le séquençage à haut débit (SHD) pour leur capacité à détecter des gènes de résistance aux antibiotiques dans le microbiote intestinal. Les acides nucléiques totaux de 21 échantillons fécaux ont été purifiés et analysés par PCR et SHD pour la présence des gènes de résistance erm(B), mecA, vanA et vanB. Par PCR, erm(B) a été détecté dans tous les échantillons, mecA dans 4 échantillons et vanB dans 3 échantillons. Le SHD n’a pas permis de détecter …
Communication
La réaction en chaine de la polymérase (PCR) en temps réel est un outil important pour la détection sensible des gènes mais est limitée par le nombre de cibles pouvant être identifiées dans un essai. La détection multiparamétrique est possible en hybridant sur une biopuce des amplicons générés lors de la PCR. L’intégration de ces réactions biochimiques dans un dispositif microfluidique est souhaitable pour permettre l’automatisation de ces processus complexes. Cependant, le nombre de chambres réactionnelles requis pour effectuer ces opérations est trop important pour permettre l’intégration à moindre coût et complexifie la fabrication du dispositif. Nous avons développé une …
Colloque
Actinobacillus pleuropneumoniae (Ap), une bactérie de la famille des Pasteurellaceae, est l'agent responsable des pneumonies causées chez le porc. Afin d'approfondir nos connaissances sur la résistance aux stress oxidatifs d'Ap, deux superoxydes dismutases (SOD) ont été étudiées. Ces enzymes protègent les cellules contre les radicaux superoxydes (O2-) qui proviennent du métabolisme aérobique et d'agents environnementaux. Du point de vue structural, on retrouve deux classes de SOD: Mn ou Fe-SOD et Cu,Zn-SOD. La première classe est très répandue chez les procaryotes et la deuxième classe n'a été caractérisée chez seulement quelques bactéries jusqu'à présent. En utilisant des amorces dégénérées basées sur …
Colloque
Helicobacter pylori, un bacille à gram négatif microaérophile, joue un rôle dans la pathogénèse de la gastrite et dans le développement de l'ulcère duodénal, et possiblement l'ulcère gastrique ainsi que le cancer de l'estomac. Nous avons isolé et séquencé l'homologue de clpP d'E.coli chez H.pylori. La protéase Clp (protéase Ti) est le prototype des protéases énergie-dépendantes retrouvées dans toutes les cellules, et clpP est l'une de ses deux composantes. ClpP serait une protéine de choc thermique et est une protéase à sérine unique. Des amorces dégénérées, basées sur des séquences en acides aminés conservées chez des protéines ClpP bactériennes connues, …
Colloque
Les gènes de résistance aux β-lactamines font partie de transposons complexes et des études phylogénétiques suggèrent qu'ils sont souvent apparentés au transposon Tn21. Nous avons démontré que Tn21 possède une fonction tnpI, intégrase, permettant l'acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques. Par clonage directionnel dans le plasmide pACYC184, nous avons isolé un fragment d'ADN BamHI-HindIII de 2.8 Kb comprenant tnpI et aadA de Tn21. La cartographie, la délétion de fragments d'ADN et la génèse in vivo de ce fragment en utilisant pOX38Km+ et les plasmides construits ont permis de localiser tnpI dans 2 fragments BamHI-AvaI-AvaI de 1.3 Kb. La détermination …
Colloque
Chez les bactéries à gram-négatif, l'électrofocalisation comparative permet de distinguer plus de 26 β-lactamases différentes codées par des plasmides. Comme alternative à cette méthode, nous avons construit des sondes d'ADN synthétiques. Le clonage moléculaire et l'édition de fragments d'ADN nous ont permis de localiser les gènes β-lactamases CARB-4, PSE-4 et SHV-1. Des fragments d'ADN interne aux gènes structuraux ont été séquencés selon la méthode de didéoxy. À partir de nos résultats et des séquences d'ADN connues TEM-1 et OXA-2, nous y avons synthétisé une série de sondes oligonucléotidiques par la chimie des phosphotriesters. La spécificité de chaque sonde a été …
Colloque
Chez les bactéries à gram-négatif, l'électrofocalisation comparative permet de distinguer plus de 26 β-lactamases différentes codées par des plasmides. Comme alternative à cette méthode, nous avons construit des sondes d'ADN synthétiques. Le clonage moléculaire et l'édition de fragments d'ADN nous ont permis de localiser les gènes β-lactamases CARB-4, PSE-4 et SHV-1. Des fragments d'ADN interne aux gènes structuraux ont été séquencés selon la méthode de didéoxy. À partir de nos résultats et des séquences d'ADN connues TEM-1 et OXA-2, nous y avons synthétisé une série de sondes oligonucléotidiques par la chimie des phosphotriesters. La spécificité de chaque sonde a été …
Colloque
Chez les bactéries à gram-négatif, l'électrofocalisation comparative permet de distinguer plus de 26 β-lactamases différentes codées par des plasmides. Comme alternative à cette méthode, nous avons construit des sondes d'ADN synthétiques. Le clonage moléculaire et l'édition de fragments d'ADN nous ont permis de localiser les gènes β-lactamases CARB-4, PSE-4 et SHV-1. Des fragments d'ADN interne aux gènes structuraux ont été séquencés selon la méthode de didéoxy. À partir de nos résultats et des séquences d'ADN connues TEM-1 et OXA-2, nous y avons synthétisé une série de sondes oligonucléotidiques par la chimie des phosphotriesters. La spécificité de chaque sonde a été …
Colloque
Le clonage de gènes impliqués dans la résistance aux β-lactamases a permis de construire 3 sondes d'ADN permettant d'identifier spécifiquement les souches contenant la β-lactamase correspondante. Des fragments d'ADN obtenus par digestion avec des enzymes et restreints à partir des plasmides R46, et pUB4473: Tn1405 et du transconjugant E.coli Q7711 ont été insérés dans le vecteur plasmidique pACY184. Le clonage directionnel et la délétion de fragments d'ADN ont permis de localiser les gènes β-lactamases OXA-2, ARR-1 et PSE-4. Par hybridation moléculaire, nous avons obtenu 1 fragment d'ADN EcoRI-PstI (340pb) spécifique pour OXA-2, 2 fragments AVAI (107 et 340pb) pour AER-1 …
Colloque
Le clonage de gènes impliqués dans la résistance aux β-lactamases a permis de construire 3 sondes d'ADN permettant d'identifier spécifiquement les souches contenant la β-lactamase correspondante. Des fragments d'ADN obtenus par digestion avec des enzymes et restreints à partir des plasmides R46, et pUB4473: Tn1405 et du transconjugant E.coli Q7711 ont été insérés dans le vecteur plasmidique pACY184. Le clonage directionnel et la délétion de fragments d'ADN ont permis de localiser les gènes β-lactamases OXA-2, ARR-1 et PSE-4. Par hybridation moléculaire, nous avons obtenu 1 fragment d'ADN EcoRI-PstI (340pb) spécifique pour OXA-2, 2 fragments AVAI (107 et 340pb) pour AER-1 …
