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La prédiction du repliement des protéines est un des grands défis de la science moderne. À la frontière entre plusieurs disciplines, elle pousse à l'utilisation de techniques provenant de différents domaines, ainsi que l'invention de techniques nouvelles. Notre modèle de prédiction tri-dimensionnelle incorpore des modèles physiques à des notions empiriques et statistiques. En plus des problèmes fondamentaux concernant les modèles énergétiques et combinatoires dans la recherche d'une conformation protéique native, de multiples problèmes plus petits handicapent le développement de modèle plus performant. Entre autres, la gestion des feuillets bêta est un domaine où peu d'équipes ont offert de solutions informatiques …
La prédiction de structure des protéines est un grand défi. Le nombre astronomique de degrés de liberté rend le problème computationellement impossible à l'heure actuelle. Néanmoins, des modèles réduits de protéine, possédant moins de degrés de liberté, permettent d'aborder le problème de façon plus systématique. Nous avons développé un modèle réduit des protéines, sans chaîne latérale, et ne possédant qu'un seul degré de liberté par acide aminé. Grâce à ce modèle, nous avons développer une philosophie hiérarchique du repliement des protéines. Tout particulièrement, nous nous intéressons à la prédiction de la structure tertiaire des protéines. Nos recherches antérieures nous ont …