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Colloque
Des études théoriques basées sur des modèles atomiques détaillés, telles que les simulations de dynamique moléculaire (Bernèche & Roux, BJ 2000, sous presse), et les calculs électrostatiques dans des milieux diélectriques continus (Roux & MacKinnon, Science 285: 100-102, 1999), permettent de mieux comprendre la fonction des canaux ioniques transmembranaires. Je vais décrire des travaux récents réalisés sur le canal potassique de la levure Streptomyces lividans (KcsA) dont la structure cristalline a été déterminée à une résolution atomique de 3.2 (Doyle et al., Science 280: 69-77, 1998). Je discuterai aussi de nos études de modélisation de l'inhibition de canaux potassiques par …
Colloque
Dans plusieurs études de dynamique moléculaire il est souhaitable de pouvoir traiter explicitement qu’une région d’un système, le reste du système étant considéré comme un continuum. Ce continuum, traité à l’aide de l’équation de Poisson-Boltzmann, est défini de façon à rendre compte de l’influence d’un solvant ionique, d’une membrane et/ou d’une partie de la protéine qui ne serait pas incluse dans la région traitée explicitement. Cette approche peut notamment être utilisée pour l’étude de canaux ioniques ou de sites actifs de protéines.
Colloque
La compréhension de différents phénomènes biologiques observés à la surface des cellules passe par l'étude des interactions lipides-protéines responsables de l'ancrage et de la stabilisation des protéines membranaires. Par une approche théorique faisant appel aux techniques de simulations par dynamique moléculaire, il est possible de caractériser ces interactions au niveau atomique. Une méthode de construction d'un système explicite composé d'une protéine et d'une bicouche phospholipidique (DMPC) solvatée a été développée et appliquée à l'étude de la mélittine, modèle d'une hélice-a amphiphile et connue pour son activité lytique. Une trajectoire de dynamique moléculaire d'une durée de 1000 psec a été générée …
Colloque
La compréhension de différents phénomènes biologiques observés à la surface des cellules passe par l'étude des interactions lipides-protéines responsables de l'ancrage et de la stabilisation des protéines membranaires. Des méthodes expérimentales (RMN, rayon-X,...) ont permis de déterminer la structure tri-dimensionnelle de certaines protéines membranaires. Ces méthodes donnent toutefois peu d'informations sur l'association protéine-membrane. Par une approche théorique faisant appel aux techniques de simulations par dynamique moléculaire, il est possible de caractériser cette association au niveau atomique. Une méthode de construction d'un système explicite composé d'une protéine et d'une bicouche phospholipidique (DMPC) solvatée a été développée et appliquée à l'étude de …
