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Au lieu d'élaborer des règles théoriques de la recherche scientifique, Whewell analysa, dans de longs ouvrages, les procédés dont la science use réellement. Il en déduisit la nécessité d'accorder à l'hypothèse un rôle de premier plan. Il insiste sur ce fait que le travail du véritable savant ne consiste pas tant à recueillir des faits, à généraliser le résultat d'une expérience, qu'à introduire un principe d'intelligibilité qui assurera l'unité de ces faits et les fera voir sous un nouveau jour. Ce lien intelligible — l'hypothèse — que l'esprit surajoute aux faits est sans doute suggéré par eux, mais ne s'y …