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Colloque
La collection de bactéries, virus, champignons et autres microorganismes présents dans les intestins humains, regroupés sous le terme de microbiote intestinal, est essentielle pour notre développement et santé. La plupart des études réalisées jusqu’à présent se sont concentrées sur les rôles majeurs des bactéries intestinales pour notre digestion, la mise en place et le fonctionnement de notre système immunitaire, le métabolisme des médicaments, et leurs rôles dans les maladies inflammatoires intestinales. Les virus intestinaux, principalement des bactériophages, ont été peu étudiés, malgré leur abondance. Des études récentes ont montré que les bactériophages peuvent moduler les communautés bactériennes intestinales et soulignent …
Colloque
L’énumération de bactériophages par plages de lyse est une étape critique dans divers protocoles. Aujourd’hui, la référence pour obtenir ces abondances est un comptage manuel, ce qui est long, sujet à des erreurs humaines, et limité à des boîtes de Petri avec un nombre de plages de lyse comptables. Nous présentons OnePetri, une application pour téléphone intelligent open-source utilisant une collection de modèles d’apprentissage automatique (« machine learning ») entraînés pour l’énumération rapide de plages de lyse de bactériophages sur des boîtes de Petri. Nos modèles d’apprentissage automatique ont été formés avec des photos d’expériences de plages de lyse menées …
