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Deux espèces de poissons (Lycodes pallidus Collett et Liparis cyclostigma Gilbert) et un certain nombre d'invertébrés sont présents et même abondants dans le Saguenay, alors qu'ils sont rares ou inconnus dans l'estuaire et le golfe du Saint-Laurent. Ils paraissent ainsi constituer des reliques d'une distribution autrefois plus étendue, mais confinée aujourd'hui aux mers polaires (Labrador, Groënland, archipel arctique canadien, etc.). Le fjord du Saguenay constituerait ainsi une enclave biogéographique arctique isolée plus ou moins complètement des mers arctiques par le golfe Saint-Laurent. Les espèces suivantes, en particulier, semblent être des reliques d'une ancienne distribution: a) dans la nappe profonde du …
Le Saguenay est considéré habituellement comme un milieu d'eau douce. En fait, l'eau douce ne forme qu'une couche assez mince en surface, la grande masse des eaux étant salée depuis Tadoussac jusqu'à quelques milles en aval de Chicoutimi. L'auteur, avec la collaboration du Camp des Jeunes Explorateurs (rive nord du Saguenay), a commencé l'étude des conditions hydrographiques du Saguenay. Un inventaire des poissons et des invertébrés est également en cours. Cette faune est marine, en très grande partie, et contient de bons représentants d'une faune arctique, dont certains sont encore inconnus dans l'estuaire et le golfe Saint-Laurent.