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A semi-automated approach to the representation of genetic maps
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Genomic data are typically presented in literature and scientific meetings in the form of genetic maps, as they permit gene contents and organization, information density and genome rearrangements to be visualized and features across different genomes to be compared with ease. However, preparing high-quality genetic maps is a time-consuming and tedious process. This is particularly true for genomes which consist of heavy clusters of closely spaced coding regions or introns, as their corresponding genetic labels tend to overlap severely. The conventional approach often requires using an interactive graphic package to construct each label painstakingly and to assign standardized attributes to …

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pen icon Colloque
Le génome mitochondrial du champignon inférieur Allomyces macrogynus
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Allomyces macrogynus (A.m.) est un champignon filamenteux qui, dans la taxonomie classique, est considéré comme un "vrai champignon inférieur". Afin d'approfondir nos connaissances sur le genre Allomyces, nous avons décidé de séquencer le génome mitochondrial de A.m. Une analyse détaillée des séquences déterminées (95% des 56 kb) révèle la présence de tous les gènes mitochondriaux usuels, encodés selon le même brin, et l'utilisation du code de traduction universel. La position phylogénétique, telle qu'obtenue via la comparaison des gènes codant pour l'ARN ribosomique confirme le caractère inférieur de A.m. Nous avons aussi observé la présence d'un cadre de lecture non identifié …

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