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Colloque
Le caractère flexible des molécules peptidiques conduit à l'existence d'un équilibre entre un grand nombre de conformations en solution. Plutôt que d'étudier quelques conformations isolées, nous précisons l'étude globale, par méthodes statistiques, de populations de conformères. Le programme PEPSEA (PEPtide SEArch), développé au laboratoire, génère aléatoirement et minimise des populations conformationnelles de peptides par des méthodes de mécanique classique. La population de conformères est ensuite analysée par méthodes statistiques afin de déterminer les composantes principales et rechercher des groupements (Cluster Analysis). Nous obtenons alors des regroupements de conformères en familles qui permettent de décrire le comportement de la molécule. Le …
Colloque
Les méthodes de calcul conformationnel et de modélisation moléculaire ont été appliquées à l'étude des peptides Pro-D-Ala et Pro-D-Ala-Ala. On a utilisé un programme développé au laboratoire, PEPSCAN, qui permet de générer aléatoirement et de minimiser des populations de conformères. L'analyse des populations par méthodes statistiques et de dynamique moléculaire permet d'explorer l'espace conformationnel des molécules. Les peptides contenant un résidu proline sont connus pour adopter des structures en tournants. On a également que les peptides linéaires de ce type, contenant deux tournants β successifs sont susceptibles de complexer sélectivement le calcium. On présentera les résultats conformationnels obtenus par analyse …
