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Le microbiote intestinal humain comme réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques : comparaison préliminaire d’amplification par PCR et séquençage à haut débit
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Dans le cadre d’un programme de recherche visant à développer des outils facilitant la découverte de nouveaux antibiotiques, nous avons comparé la PCR et le séquençage à haut débit (SHD) pour leur capacité à détecter des gènes de résistance aux antibiotiques dans le microbiote intestinal. Les acides nucléiques totaux de 21 échantillons fécaux ont été purifiés et analysés par PCR et SHD pour la présence des gènes de résistance erm(B), mecA, vanA et vanB. Par PCR, erm(B) a été détecté dans tous les échantillons, mecA dans 4 échantillons et vanB dans 3 échantillons. Le SHD n’a pas permis de détecter …

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Développement d’un essai PCR multiplex en temps réel pour la détection rapide et sensible des gènes codants pour les carbapénémases
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La dissémination mondiale de bactéries à Gram négatif productrices de carbapénémases (BPC) représente une menace de santé publique majeure. Les infections causées par les BPC sont associées à un taux de mortalité élevé. Actuellement, les méthodes phénotypiques utilisées pour la détection des BPC manquent de sensibilité et de spécificité et sont souvent difficiles à interpréter. Cette étude décrit un essai PCR multiplex en temps réel permettant la détection rapide des gènes codant pour les carbapénémases les plus prévalentes. Des alignements multiples des séquences des gènes blaIMP, blaKPC, blaNDM, blaOXA48/181 et blaVIM ont été réalisés à partir des séquences disponibles dans …

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Caractérisation du gène ampG codant pour un transducteur de signal de l'induction de la céphalosporinase chromosomique chez Pseudomonas aeruginosa PAO1
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Pseudomonas aeruginosa est responsable d'environ 10% de toutes les infections causées par les bacilles à Gram négatif. Les ß-lactamines (pénicillines et céphalosporines) sont parmi les antibiotiques les plus utilisés dans le traitement des infections causées par ce pathogène. Cependant, on observe un phénomène de résistance de plus en plus important chez les patients traités avec les nouvelles ß-lactamines. La surproduction d'une ß-lactamase de classe C (céphalosporinase) est une des principales causes de résistance aux ß-lactamines chez P. aeruginosa. Chez les entérobactéries, le gène ampG codant pour une protéine transmembranaire (AmpG), agit comme une perméase essentielle à l'induction de la céphalosporinase …

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Séquence nucléotidique des gènes codant pour les protéines PLP2 et RodA de Pseudomonas aeruginosa PAO1
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Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste, principalement retrouvée chez les patients dont les mécanismes de défense sont affaiblis et ceux atteints de la fibrose kystique. Elle est également une des principales causes d'infections nosocomiales. Les antibiotiques de type ß-lactamine (céphalosporines de la troisième génération) en combinaison avec un aminoglycoside sont recommandés pour le traitement de ces infections. Les ß-lactamines exercent leur action létale sur les protéines liant la pénicilline (PLPs), principalement les PLPs de haut poids moléculaire (H.P.M.) qui catalysent les étapes finales de la synthèse de la paroi bactérienne. Chez P. aeruginosa, sept PLPs ont été identifiées, un …

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Clonage et séquençage du gène dacA codant pour la PLP5 chez le pathogène opportuniste Pseudomonas aeruginosa PAO1
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Les protéines liant la pénicilline (PLPs) qui sont impliquées dans la biosynthèse du peptidoglycane sont les cibles des antibiotiques de type ß-lactamine. Chez le microorganisme Pseudomonas aeruginosa, sept PLPs ont été détectées (PLP1A, 1B, 2, 3, 4, 5 et 6). Des études antérieures ont clairement démontré que les PLPs de haut poids moléculaire (PLP1A, 1B, 2 et 3) sont essentielles à la survie de la bactérie alors que les PLPs de faible poids moléculaire semblent secondaires. La PLP5 qui agit principalement lors de la maturation du peptidoglycane comme D-alanine carboxypeptidase démontre également une activité ß-lactamase. Afin de mieux comprendre le …

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Caractérisation du gène penR codant pour le régulateur transcriptionnel de la pénicillinase inductible chez Burkholderia (Pseudomonas) cepacia 249
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Burkholderia (Pseudomonas) cepacia est un des pathogènes les plus importants retrouvés dans les infections pulmonaires des patients atteints de la fibrose kystique. On a montré que l'augmentation dramatique du phénomène de résistance aux antibiotiques de type ß-lactamine (pénicillines et céphalosporines) dans des isolats cliniques de B. cepacia est due à la production d'une pénicillinase (ß-lactamase) inductible. Il a été démontré que l'expression de cette pénicillinase chromosomique est contrôlée par un fragment d'ADN localisé à l'extrémité 5' du gène penA codant pour la pénicillinase. Afin de caractériser le gène responsable de l'expression de la ß-lactamase, nous avons séquencé la région d'ADN …

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Caractérisation du gène ampD codant pour un régulateur de l'expression de la céphalosporinase chez Pseudomonas aeruginosa PAO1
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Pseudomonas aeruginosa est responsable d'environ 10% de toutes les infections causées par les bacilles à gram négatif. Les ß-lactamines (pénicillines et céphalosporines) sont parmi les antibiotiques les plus utilisés dans le traitement des infections causées par ce pathogène. Cependant, on observe un phénomène de résistance de plus en plus important chez les patients traités avec les nouvelles ß-lactamines. La surproduction d'une ß-lactamase de classe C (céphalosporinase) est une des principales causes de résistance aux ß-lactamines chez P. aeruginosa. Chez les entérobactéries, le gène ampD codant pour une protéine cytosolique (AmpD), agit comme un régulateur négatif de l'expression de cette céphalosporinase. …

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Caractérisation moléculaire du gène ponB codant pour la protéine liant la pénicilline 1B (PBP1B) chez Pseudomonas aeruginosa PAO1
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Pseudomonas aeruginosa est devenue au cours des deux dernières décennies une des principales causes d'infections chez les patients immunosupprimés ou atteints de la fibrose kystique. Les antibiotiques de type ß-lactamine (pénicillines et céphalosporines) sont parmi les agents chimiothérapeutiques les plus utilisés dans le traitement de ces infections. Cependant, on observe une émergence importante d'un grand nombre de souches multirésistantes aux ß-lactamines. Les cibles létales des ß-lactamines sont les enzymes responsables de la biosynthèse de la paroi bactérienne appelées "protéines liant la pénicilline (PBPs)", principalement les PBPs de haut poids moléculaire. L'étude des relations structure-fonction des PBPs est donc une étape …

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Mutagénèse dirigée des β-lactamases de type SHV en positions 104 et 164
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Un nombre croissant de β-lactamases de type SHV et TEM à très large spectre capables d'hydrolyser les céphalosporines de 3e génération ont été rapportées. Ces nouvelles enzymes diffèrent par quelques acides aminés de SHV-1, TEM-1 ou TEM-2. Certaines substitutions ont été trouvées uniquement chez les β-lactamases de type TEM à très large spectre (Ser164 et Lys104) et sont responsables de cette nouvelle activité hydrolytique. Nous avons utilisé la mutagénèse dirigée de SHV-1 et SHV-2 afin de déterminer si ces deux substitutions peuvent également élargir le spectre d'activité des β-lactamases de type SHV. L'analyse phénotypique des mutants (CMI) montre que la …

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