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Colloque
Des études théoriques basées sur des modèles atomiques détaillés, telles que les simulations de dynamique moléculaire (Bernèche & Roux, BJ 2000, sous presse), et les calculs électrostatiques dans des milieux diélectriques continus (Roux & MacKinnon, Science 285: 100-102, 1999), permettent de mieux comprendre la fonction des canaux ioniques transmembranaires. Je vais décrire des travaux récents réalisés sur le canal potassique de la levure Streptomyces lividans (KcsA) dont la structure cristalline a été déterminée à une résolution atomique de 3.2 (Doyle et al., Science 280: 69-77, 1998). Je discuterai aussi de nos études de modélisation de l'inhibition de canaux potassiques par …
Colloque
La compréhension de différents phénomènes biologiques observés à la surface des cellules passe par l'étude des interactions lipides-protéines responsables de l'ancrage et de la stabilisation des protéines membranaires. Par une approche théorique faisant appel aux techniques de simulations par dynamique moléculaire, il est possible de caractériser ces interactions au niveau atomique. Une méthode de construction d'un système explicite composé d'une protéine et d'une bicouche phospholipidique (DMPC) solvatée a été développée et appliquée à l'étude de la mélittine, modèle d'une hélice-a amphiphile et connue pour son activité lytique. Une trajectoire de dynamique moléculaire d'une durée de 1000 psec a été générée …
Colloque
La compréhension de différents phénomènes biologiques observés à la surface des cellules passe par l'étude des interactions lipides-protéines responsables de l'ancrage et de la stabilisation des protéines membranaires. Des méthodes expérimentales (RMN, rayon-X,...) ont permis de déterminer la structure tri-dimensionnelle de certaines protéines membranaires. Ces méthodes donnent toutefois peu d'informations sur l'association protéine-membrane. Par une approche théorique faisant appel aux techniques de simulations par dynamique moléculaire, il est possible de caractériser cette association au niveau atomique. Une méthode de construction d'un système explicite composé d'une protéine et d'une bicouche phospholipidique (DMPC) solvatée a été développée et appliquée à l'étude de …
Colloque
Nous avons développé et mis au point une méthode mathématique générale permettant d'analyser et d'interpréter les signaux électriques provenant d'un canal membranaire mesurés par la technique du "Patch clamp". Parmi les caractéristiques de ce signal, les propriétés statistiques de la durée de vie des transitions constituent une source importante d'informations quant aux propriétés électrophysiologiques des membranes. Nous avons donc établi un algorithme de détection de ces transitions dans le but de mieux estimer les caractéristiques réflexes du canal membranaire. Mais à cause de l'effet perturbateur du bruit ainsi que du temps de réponse fini du système de mesures, une évaluation …
